黃丞儀指出，補償條例相關條文過於狹隘，保安司令部逮捕杜孝生之前，已擬定工作方案，準備要一網打盡鄒族菁英，雖以不同罪名定罪，對他們進行的政治整肅與迫害並無差別，因起訴法條的差異而造成案件請求補償的要件上有所不同，違反《憲法》第24條保障的國家賠償請求權，侵害人民權益。
他表示，1987年解嚴後應整體檢討法秩序在戒嚴時期遭到的破壞，遺憾的是，立法院卻通過《國家安全法》，導致無法對戒嚴時期的軍事審判進行系統性檢討或進行司法救濟，國家只發放補償金，沒有檢討其責任，而立法機關對補償金的發放，設定狹窄範圍，「曲解人民權益受侵害的型態。」
黃丞儀批大法官會議釋字477號，「人民權利不應歸於立法裁量」
和《補償條例》同樣排除其他案型申請補償的還有《戒嚴時期人民受損權利回復條例》，但對此，大法官會議釋字477號認定，屬於立法裁量的範圍。
黃丞儀則表示，「所謂立法裁量並非絕對」，大法官並未在釋字477號區別人民受損的權利性質究竟是政治性權利還是一般性權利；而因大法官已對人民基本權利做出不同保障的要求，也再三強調，《憲法》第8條保障的人身自由是人權保障的核心，釋字567號也強調，「即便國家屬於非常時期，人民的基本權利也有其核心範圍，不得侵犯」，但是《補償條例》與釋字477號，會將這一切都歸於立法者的裁量，「我們認為釋字477號有變更的必要。」
黃丞儀也在聲請案中，要求大法官變更釋字272號。聲請方訴訟代理人、律師洪偉勝表示，釋字272號的問題在於它否定其他司法救濟機會，選擇以行政權認定補償替代司法權，違反權力分立原則。
機關訴訟代理人反擊:立委應先修法再釋憲
儘管法庭已在程序庭決定受理釋憲聲請，機關訴訟代理人陳述意見時，首先仍猛攻法庭受理2案有程序瑕疵，他們指出：1.相關條文應由立委先推動修法，受阻後再釋憲；2. 杜孝生案並未窮盡訴訟途徑。
他們表示，轉型正義應促成和解，然而法庭以轉型正義與憲法原則的關聯為由，採特殊個案受理，以轉型正義為由，打破法律受理聲請的要件限制，並質疑法庭的立場與態度，「恐會加深對立、製造新仇恨。」
機關訴訟代理人主張，《補償條例》的補償範圍應限制在政治案件補償，並認同這是立法裁量的範圍；他們雖同意，保安司令部預先擬定逮補杜孝生的計畫，顯示杜很可能被羅織貪污罪的罪名，其他人也可能以其他罪名被栽贓，「難道這有貪污罪、其他案件不應補償嗎？」「可是一旦擴張補償範圍，要擴張到那？如果連特別刑事、一般刑事案件都要補償，就失去轉型正義的意義。」
