台灣社會中，「愛滋病」與「同性戀」始終是彼此身上的汙名化標籤，想到其一，很快可以聯想到其二。在這波婚姻平權的辯論中，愛滋病的控制也不意外地成為反方媒體的寵兒。
愛滋病毒主要透過性行為及血液傳染。雖然亦可透過妊娠及授乳造成母子垂直傳染，但自2005年孕婦全面篩檢愛滋計畫啟動後，垂直感染之個案數已持續下降，近年僅有零星個案出現。
透過性行為及血液傳染的疾病所在多有，愛滋病之所以能夠不同於其他，在於它普遍被認為與毒癮及男同性戀相關，再者，它是目前少數無法根治的傳染性疾病之一。但即便如此，愛滋也早已不是過去所說的世紀黑死病。
1996年，愛滋病的治療因「雞尾酒療法」獲得革命性的進展。研究證明以多種抗愛滋病毒藥物同時進行治療，能夠減少死亡率並減緩疾病惡化。台灣亦在1997年引進雞尾酒療法，此後隨著藥物及相關研究不斷革新，台灣的愛滋病毒帶原者已能在藥物控制下，過著與常人無異的日子。愛滋不但不再是絕症，近年的研究報告更顯示，早期發現並規律治療的愛滋病毒帶原者，其平均壽命只約略比一般民眾短少一年。
因此，關鍵在於我們如何早期發現並規律治療這些愛滋病毒帶原者。聯合國愛滋病聯合規劃署(UNAIDS)在2010年發表三零政策(three zeros strategy)，呼籲全球公共衛生系統以「零愛滋新個案」、「零愛滋相關死亡」，以及「零歧視」作為共同對抗愛滋疫情的方向。
這三個「零」，在醫療資源豐富便利的台灣，最重要的絕對是「零歧視」。所有針對愛滋的歧視與汙名，都是愛滋病毒帶原者與高風險感染者進入醫療系統的最大阻礙。唯有讓所有的高風險感染者都獲得安全性行為、安全針具之相關知識，養成規律篩檢的習慣，我們才能降低愛滋傳染機會，並早期發現新的愛滋個案。也唯有讓所有的愛滋病毒帶原者都能夠卸下心防，開始長期與規律的藥物治療，我們才能夠減少後續的愛滋傳染與相關死亡。
對於愛滋的汙名，除了已造成醫療阻礙，竟也在這波婚姻平權的辯論中，成為反對方的操作工具。
但當我們可以誠摯的祝福安寧病房中時日無多的人們共成連理，為甚麼反而以愛滋為由，限制同性伴侶們進入婚姻呢？疾病不應限制婚姻，尤其婚姻做為一段穩定關係的保障，讓同性戀族群中的愛滋病毒帶原者進入婚姻關係中，使他們能夠因而獲得家庭支持，也絕對有利於醫療照護與社會安全維持。
婚姻平權通過與否，亦與愛滋疫情無關。在已通過婚姻平權的國家中，我們無法在統計數據中發現婚姻平權造成愛滋疫情升溫的證據。
