此刻蔡總統卻又於11月21日要求行政院重新清查政府捐助財團法人，並制定專法，短時間立場反覆，令人好奇。而究竟「改組後本院政策與蔡總統政見」所指為何，也不明確。我們只能靜待新的行政院草案提出後，方能得知。
二、只管政府捐助的，民間捐助的就不用管嗎？
不過初步觀察，蔡總統此番政策轉向，主要瞄準政府捐助的財團法人，政治意味濃厚，但對於民間依民法成立之財團法人，暫時無所著墨。至於蔡政府撤回馬政府提案的真正原因，是否與一般民間財團法人的壓力有關，未來是否仍將其納入規範，值得觀察。
事實上，過去財團法人法立法過程中，最大的阻礙之一，並不是來自政府捐助的財團法人，問題主要在於民間許多極具規模的宗教、醫療、慈善、教育等財團法人的反彈。此等財團法人收入支出龐大，甚至超過上市櫃公司，且因具有公益性質而受政府減免稅捐之鼓勵，但卻缺乏明確監管與透明化機制，往往產生諸多流弊，幾乎成為低度規範與不受控制的化外之地。儘管馬政府時代提出的草案將民間捐助與政府捐助的財團法人分別規範，前者採較低度的管制，後者則採高度的監督，但仍將兩者納入規範。若蔡總統撤回馬政府對財團法人全盤規範的草案，轉而只提出規範政府捐助的財團法人，對於健全國家整體公益的財團法人制度，無疑是有所偏頗與不足，形同放任現行法制漏洞所產生的諸多問題。
三、究竟是不受政府控制？還是國會監督不到？
蔡總統此番整頓的主要訴求在於政府捐助的部分，事實上政府捐助成立的財團法人，不論其設立目的為了公益性質、科技研發或是行政方面的協助，自籌財源的比率相當低，根據過往的資料，除政府捐助的金額超過八成以上，每年還須捐助其運作費用高達300億元。（2014年8月28日審計部提出促請行政院主計總處嚴密審核政府捐助財團法人概算之意見中，提到截至102年度止，中央政府各主管決算列有152家政府捐助之財團法人，基金總額2,423億餘元，其中政府捐助基金1,940億餘元，占 80.07％。該等法人民國102年度接受政府捐助日常運作經費約307億餘元。）在此種財務必須大量仰賴政府持續捐助的情況下，能不受政府控制而獨立生存的財團法人，恐怕寥寥無幾。
事實上政府對於捐助財團法人有多重可以控制的手段可以採用。包括人事的指派、依據捐助章程監督捐款之使用、主管機關的監督，甚至是停止捐款等。在這些手段之外，還可以透過司法訴訟維護權益。例如台灣糖業協會被控遭私自更改章程為武智基金會，雖歷經十六年追產訴訟，最後台糖仍勝訴取回資產。若稱政府控制不住其所捐助的財團法人，恐有過度誇大之嫌。
