早在2011年底，總統大選前夕，當時的國安會秘書長胡為真遭媒體踢爆，越權出席國安局的情治協調會報，掌握選戰情資，上報總統馬英九，調查局更派出28名調查員全面監控蔡英文行程，當時民進黨痛批，「這根本就是台版的水門案」，其時，國安局即理直氣壯地表示，依據國安局組織法第2條，國安局隸屬國安會，因此國安局自應接受國安會有關國家安全工作之情報指導，為胡為真解套。
如今，九合一選舉將屆，國民黨各縣市選情並不樂觀，此時又再傳出國安局要求調查、警政、憲兵等情報系統將各地情資直接匯報國安局，如此對地方選情自可一手掌握，甚至到2016年總統大選前的各種地方上的政治動作，國安局也都可以即時獲得第一手資訊。
據了解，李翔宙於今年5月接任國安局長後，特別自國防部找來了法律長才，由趙一弘出任國安局法務室主任，以使國安局要求其他情治系統自地方上報情資的作為更師出有名，因此國安局依據情工法制定了「情資彙報作業辦法」，相較於2011年的國安會作為，此次國安會和國安局的統合情資動作更形細膩。
立院要求備詢 國安會示弱：僅為總統幕僚機關
但矛盾是，國安會秘書長金溥聰面對外界質疑他到情治機關視察的動作濫權時，國安會以國安局的上級主管機關自居，態度強勢；但當立法院針對國安會組織定位，要求國安會秘書長金溥聰到立院備詢時，國安會卻於9月17日提送立法院查照的「國家安全會議組織定位及相關法制問題研究報告」，強調國安會定位為「總統之諮詢、幕僚機關，原則上不宜至立法院備詢」。
國安會的報告中認為，國安會的決議，僅「作為總統決策之參考」，國安會直接向總統負責，相關意見僅供總統決定國安安全大致方針參考，非權力機關，亦無執行權責，與行政院及其所屬各部會有別，此時國安會態度明顯示弱。
