為了防堵武漢肺炎炎（嚴重特殊傳染性肺炎，新型冠狀病毒肺炎）疫情，日本首相安倍晉三21日召開內閣會議，要求將疫情阻絕於境外，貫徹入境檢疫措施、對國民保持資訊透明。日本雖在15日傳出1人確診，但該名病患已經出院，這幾天也沒有再傳出新的確診病例。不過《日本經濟新聞》指出，這名患者當初是吃退燒藥入境，海關根本檢測不出這樣的病患。
安倍晉三21日在首相官邸召開「新型流感病毒感染症對策會議」，安倍指示「進一步貫徹入境檢疫檢查措施，徹底收集感染症的相關資訊，以求萬無一失」。除了強化國際合作，安倍也要求閣員應迅速對國民提供準確資訊。《日本經濟新聞》稱，目前日本除在機場對入境者實施檢疫，也要求醫療機構只要發現肺炎患者就應立即上報主管機關。
體溫檢測+自主申報
由於接下來是中國的農曆年，估計約有30億人次的龐大人流會在春節期間返鄉、拜年、旅行，日本也對即將出現的大量入境人潮嚴陣以待。除了機場海關的檢疫措施，入機班機也會廣播呼籲從武漢入境的旅客自主申報身體不適、或者服用退燒藥的狀況。
曾在世界衛生組織協助擬定嚴重急性呼吸道症候群（SARS）對策的東北大學教授押谷仁說，由於泰國、日本、南韓都出現確診病例，他認為確診病例的實際人數可能是中國當局公布的十倍到百倍以上。
海關檢疫有漏洞
值得注意的是，日本至今唯一的武漢肺炎確診病例，當初並沒有在海關被檢出。厚生勞動省表示，這名確診病例是住在神奈川縣的30多歲中國籍男性。這名男性在武漢市滯留期間，1月3日起就開始發燒，6日入境日本。日本海關設立的檢疫站雖仔細測量入境者體溫，但這名男性在入境前服用了退燒藥，因此當時並未被紅外線體溫檢測發現異狀。
這名男性入境當天就到診所就醫，當時並未隱瞞曾去過武漢。9日他發高燒至39度，10日再前往其他醫院，因肺炎轉趨嚴重住院治療。院方14日向主管機關報告，日本國立感染症研究所15日確認感染2019新型冠狀病毒（2019-nCoV）。 因此除了處於病毒潛伏期與沒有發燒的病患之外，若感染者服用退燒藥、加上沒有自主申報，確實是海關防疫的一大難題。
厚生勞動省官員也談到中國是否隱瞞疫情， 由於中國政府11日確認肺炎的原因是新型冠狀病毒後，12日便向其他國家公開遺傳基因序列，符合世界衛生組織2005年設立的「發現可能擴散到鄰國的新型傳染病，必須在24小時內通告」規定。厚勞省官員認為，與2003年SARS的情況相比，中方的資訊公開已顯著改善。
日本政府目前對中國的傳染病危險分級仍是最低程度的第一級（高度注意），會不會提升警戒層級，還要看世界衛生組織緊急委員會22日的討論結果。
