新型冠狀病毒引發的肺炎疫情持續，香港經歷2003年非典型肺炎（SARS）後，被認為處理傳染病的經驗豐富，但應對最新這場疫症的表現，卻被批評比同為特別行政區的澳門更差。
截至周日（1月26日）北京時間下午4時30分，香港確診六宗肺炎個案，澳門確認五宗。
公眾感受到兩地處理肺炎疫情手段的很多分別。其中最大的不同，是當地首長的應對姿態。香港和澳門分別在周三（1月22日）確診當地首宗新型肺炎個案，澳門特首賀一誠周四（1月23日）隨即召開記者會宣布一系列防疫措施，包括延長當地中小學春節假期後的復課日期、訂購口罩讓當地居民配給購買、授權邊檢人員拒絶發熱的旅客進出境、甚至聲言隨時按需要關閉賭場等。
香港特首林鄭月娥在當地確診首宗新型肺炎的時候在瑞士出席世界經濟論壇年會，只派出政務司司長張建宗周四以署理特首身份召開記開會宣布防疫措施，包括取消多項慶祝春節的活動。林鄭月娥按原定行程周六（1月25日）回到香港後，才與官員召開會議，同日傍晚再次召開記者會宣布更多措施。
但是香港市面的口罩供應仍然緊張，在澳門宣布中小學停課及要求旅客填寫健康申報等措施多天后， 香港政府才宣布仿效有關做法，被批評反應過慢。
果斷措施
新型肺炎疫情初期澳門仍然未出現確診個案，但已經採取多項措施，包括派員到從武漢抵達的航機機艙內為乘客測量體溫，要求所有入境人士填寫健康申報表，又暫停來往澳門和武漢的旅行團。
賀一誠在澳門出現確診個案後宣布進一步的防疫措施，包括讓當地居民以成本價8澳門元（約合一美元）購買口罩，每人每10天可到指定商店購買10個，購買時需要登記身份證，確保每名市民每天可以使用一個口罩。
他並宣布已經與鄰近的珠海市商討，將各自嚴防疫情在兩市之間傳播，各自禁止發熱的旅客進出境，但這個措施不會在澳門機場實行。
澳門政府之後又表示，為避免疫症在學校傳播，將會延長當地中小學校和大專院校的春節假期，避免學生在校園內互相感染。
「後知後覺」
但一海之隔的香港，當地政府的反應似乎要慢許多。香港政府早前要求乘坐飛機從武漢抵港的乘客填寫健康申請表，但乘坐高鐵的乘客就不用。
政務司司長張建宗解釋說，如果要求高鐵乘客填寫健康申報，車站將擠滿填寫表格的乘客，人多聚集反而容易傳播病毒。之後香港出現第一宗高鐵抵港旅客證實患上新型肺炎的個案，張建宗才宣布開始要求高鐵乘客填寫申報。
現場記者又質疑為什麼林鄭月娥不提早結束瑞士世界經濟論壇年會的行程，返回香港指揮防疫工作，張建宗表示，她與香港政府高層官員每天都有開會討論疫情。
林鄭月娥周六回到香港後，宣布將當地防疫警戒級別提高到最高標準，又推遲當地中小學和幼稚園春節假期的復課日到2月17日，並無限期暫停來往香港和武漢的航班和高鐵。
至於口罩的供應，林鄭月娥說她已經致函中國國務院，希望北京政府提供所需協助，又與供應商聯絡確保可以盡量增加市面供應。
「被動，反應緩慢」
香港防疫工作的進度比澳門緩慢，引起多名議員不滿。其中，泛民主派立法會議員陳淑莊認為，政府應該封閉邊境檢查站，不讓中國大陸的旅客入境，防止疫情進一步傳入香港。
至於從中國大陸抵達的香港居民，她認為政府可以為他們設立特別通道進行檢測，並與他們保持聯絡，了解他們的健康狀況，但這個建議被林鄭月娥形容為「不切實際」。
香港建制派政黨也批評政府處理疫情的工作，香港最大親北京政黨民建聯形容，政府防疫工作「被動，反應緩慢」。
民建聯周六在社交網站回應香港政府最新的防疫措施時說，希望當局「按最嚴格的準則盡快落實各措施，全面加強社區防疫能力，保護市民生命安全」。
