武漢肺炎疫情發展受到全球關注、民眾也關心是否能買到充足口罩。前總統馬英九辦公室29日呼籲，政府應清查是否有人惡意囤積口罩，另外，兩岸已於2010年簽署「醫藥衛生合作協議」，其中就包括傳染病防疫之合作。馬辦新聞稿稱，過去禽流感盛行時已有合作先例，可供參考。雙方可在此基礎上共同防治武漢肺炎。馬辦也呼籲，中國大陸也應通報我方最新疫情資訊，切勿再趁機打壓，徒增台灣民眾反感。
馬辦29日上午發布新聞稿指，武漢肺炎疫情近日升溫，中國大陸死亡案例已破百。台灣距武漢不到3小時航程，疫情對臺灣的威脅也更為加劇。最近行政院多次宣布台灣口罩供應充分，但包括媒體記者實測結果，市面口罩仍短缺，許多民眾跑了很多店家都買不到。馬前總統辦公室呼籲，政府應該盡速了解民眾為何買不到口罩，清查是否有人惡意囤積？「若台灣的口罩產量及存量確實足供國內民眾需求，也應適量協助中國大陸防止疫情擴散，台灣民眾的健康才更有保障。」
馬辦指出，武漢肺炎疫情爆發以來，前總統馬英九非常關切民眾的感受與需求，這兩天也親自了解，發現確實許多民眾買不到口罩，「馬前總統完全體會民眾的恐慌與憂心」，呼籲政府應提儘速出具體有效對策，讓民眾安心。
新聞稿中也提到，面對武漢肺炎此一重大公衛事件，美、日等國都表示願意對大陸提供協助；副總統當選人賴清德也倡議，台灣應與國際社會攜手協助對岸防疫。政府目前已限制大陸旅客來台，並限制口罩出口，「但除了消極的防堵之外，台灣也能有更積極的作為，可在行有餘力下，提供中國大陸防疫物資等醫療人道援助，降低疫情對兩岸人民的威脅。」
