科技部掛牌成立，延續國科會時代的重點任務之一是「發展科學工業園區」，剛好日前科技部也才提出「科學園區政策評估說明書」送環保署審查。科學園區發展經過34年，如今景氣走向、國土資源已變遷，再加上一連串錯誤政策，導致科學園區不但榮景已不復往年，而且還與民間產生衝突與爭議。今天科技部成立，也到了該好好盤整過去，重新賦予科學園區符合時代定位的時候了。
1980年新竹科學園區成立，帶動科學園區的熱潮，為了複製竹科的成功經驗，科園園區往北延伸到宜蘭，往南擴張到台中、彰化、台南、高雄，如今已有13個園區，總用地4663公頃，經營績效在幾度擺盪後，去年又重回2兆規模。
13個園區中多數是1999年之後設立的，擴張太快、評估不足。加上許多園區設立不是真有需求，而是迎合政治人物的選舉政見。例如中科四期二林園區、中興新村高等研究園區、宜蘭園區、高雄園區等多個園區還在癡等廠商進駐。也因為如此，園區作業基金到2012年為止，借貸累積已經達到1,260億元。
將科學問題用政治處理，就是一連串不幸的開始。中科四期選在地層下陷、缺水、又是農業適宜區的彰南二林。導致在環評階段就引發搶水、拒絕廢水排放的爭議。之後的演變讓大家大開眼界，原先要進駐的友達不來了，說來諷刺，再也不用擔心缺水或廢水，因為一個631公頃的園區，如今只有一家佔地2.68公頃的廠商建廠完成，就算加計已簽約廠商也用不到一成，真是糟蹋了那一片大好農地。
選址不當的問題也發生在南科的台南園區，這個地區早期是台南市最容易淹水的地區，選址好了才找水利署要水、解決水患。而南部又是台灣缺水風險最高的地區，以2010年為例，台南地區工業用水(由自來水供應) 每日23.1萬噸，台南園區就用了9.45萬噸，超過40%。而台南園區的核定用水量是20萬噸，如果用到這個程度，以現在南部水庫游積的情況來看，不知水利署要從哪生出這麼多水來供應。
台灣在經過九二一地震、莫拉克風災後，國土環境已發生變化，這個變化已讓現有園區受到影響。例如中科三期后里園區，同樣面臨缺水的問題，水利署為了提供園區用水，要興建大安大甲聯合用水工程，自來水公司要蓋后里第二淨水廠，結果兩個工程都位在活動斷層上，一個環評進二階，一個則是直接被否決開發。
科學園區的大用水量一直是個大問題，然而科技部在說明書中自己打包票：「南部水源穩定，南科短期用水可由現有自來水系統供應」。急得水利署鄭重其事寫了澄清意見，指南部水源告急，絕不是科技部說的那麼樂觀，還請科技部正視台灣水資源在莫拉克之後的困境，選址也請注意不要再選地層下陷、以及易淹水地區。
