根據監察院調查報告，政府在購置防護衣及口罩之經費，包括衛生署委託中央信託局代為向美國現貨市場採購N95口罩4億3532萬餘元、人事行政局代全國各公務機關採購平面口罩1648萬餘元、全民量體溫運動耳溫槍套2982萬餘元及防疫物資運送快遞、保全等費用337萬餘元，合計支付4億9000萬餘元。在SARS疫情趨緩後，衛生署除依據當地疫情、各醫院收治病人數等原則，將物資配送至各醫療院所外，剩餘之存貨目前多存放於桃園楊梅久裕物流倉庫中。
其中，在口罩部分，監察院調查報告批評相關單位，「在疫情之初，相關單位未依法妥慎估算儲備口罩、防護衣等防疫物資，造成採購、調度、配發數量嚴重不足，引發醫護人員及社會大眾嚴重恐慌之亂象；迨疫情趨緩後，採購之口罩卻大批擁至，造成鉅量庫存無法消化之情形。」
曾經參與口罩等醫療物資整備的前工業局長杜紫軍回憶，SARS疫情爆發初期，《傳染病防治法》因為沒有「徵用條款」，經濟部在疫情發生初期，透過經濟部駐外商務人員，向駐在國當地廠商購買口罩；中信局則是與全球主要貿易商議價購買N95口罩與醫療用防護衣。「我們通知駐外人員通報駐在國口罩價格，報價後只要價格合理，就馬上決定購買，我們在捷克找到一批，當時連夜用拖車拖到阿姆斯特丹，再由華航空運回來。」
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武漢肺炎傳染特徵不同SARS 口罩存量受直接衝擊
不過，杜紫軍強調，SARS和武漢肺炎疫情，還是有一些差異，最大的差別是SARS傳染的特徵是「先發燒，才會傳染」，因此當時的做法是所有公共建築全面量體溫；相對之下，武漢肺炎可能在沒發燒狀況下就傳染，所以民眾一開始的直覺判斷，就是全面戴口罩，口罩也馬上面臨不夠的問題。
然而，跟上次SARS疫情相比，政府這次多了4500萬片口罩安全存量，國內的口罩製造商，過去幾年也陸續增加了口罩生產線，口罩生產量某種程度上，遠比SARS時期要好很多，但政府竟然在春節期間，淪落到必須拿衛福部口罩安全存量販售給民眾。
杜紫軍表示，「這次武漢肺炎，很多中國僑民將海外購買的口罩寄回中國，顯示口罩在國外是買得到的，經濟部這次是否有像SARS期間，啟動國外的採購，應該是很重要的關鍵」，畢竟，包括中國在內都在全球搶購口罩，口罩價錢一日數變，台灣如果在物資採購上慢了，就買不到了。
口罩廠成「肥羊」 SARS期間徵用得支出「保全費」
向國外採購醫療物資要花錢，同樣地，徵用民間廠商口罩生產線，一樣也得花錢，SARS期間花費的保全費用337萬餘元，就與徵用口罩工廠有關。
杜紫軍表示，在立法院通過《傳染病防治法》「徵用條款」之後，政府宣布禁止口罩出口，但口罩停止外銷後，還是有可能轉到其他用途。杜紫軍進一步指出，在工廠徵用以前，國內只要有人出高價，廠商就願意出貨，因此，SARS當時有很多黑道會去「綁」口罩，在工業局徵用工廠以後，工業局官員不僅要每天看工廠生產報表，早晚還要派員去守倉庫（避免廠商盜賣）。
「市場失靈」釀口罩之亂 杜紫軍：有無緊急向外採購是關鍵
杜紫軍強調，這次春節期間的口罩搶購事件，是所謂的「市場失靈」，政府依據法令介入生產，防止口罩在供需不均衡過程，有人囤積居奇、影響國民健康，本來就是該做的事；政府之所以被詬病，主要是口罩的量不夠，「7天限購2片」，這中間涉及到相關單位，有沒有在春節期間向國際緊急採購的作為。
另外，徵用口罩生產線，也會有一些後遺症，有些廠商在政府徵用以前，已經承諾出貨給其他國家買主，在政府一聲令下後，可能無法履約，當初的買賣合約裡面，如果沒有訂定政府徵用的條款，就會面臨後續的違約索賠問題。
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