隨著新型冠狀病毒疫情（武漢肺炎）的大範圍擴散，有關中共存在「兩個司令部」和「兩條路線」鬥爭的說法在中國國內與海外也流傳開來：一是習近平的司令部，一個是李克強的司令部，兩個司令部在如何應對疫情上可能有原則分歧和路線鬥爭。其實，未必如此。
乍看之下，似乎能部分印證這種說法。在武漢出現新冠病毒肺炎初期，中國政府就將情況提供給了世界衛生組織（WHO）和美國等國，但對國內封鎖訊息。而根據武漢市長周先旺在採訪中的抱怨，他在上面沒有批准的情況下，是不能將疫情向民眾公開的。周所指上面為哪個層級，湖北還是國務院，外界不清楚。
按照中國防疫法的規定以及政府實際運作的規則看，類似疫情的公共衛生事件，要向社會公布勢必要得到國務院衛生主管部門同意才行。然而，衛計委其實也不能決定應不應該或必須公開，法律上它有決定權，但這種事情它不敢做決定，必須上報。在武漢疫情這個問題上，有三個人是要簽字畫押的，他們是國務院主管副總理孫春蘭、總理李克強和總書記習近平。最後拍板仍在習近平。
這裡可能有兩種情況，一是衛計委建議向社會公布武漢疫情，被孫、李否決，習也同意孫李不公布的意見；二是衛計委建議不向社會公布武漢疫情，得到後三人同意，或者被孫李否決，而孫李意見又被習否決。反正結果最後是武漢疫情的消息被政府封鎖，公眾不知情。
認為中共存在兩條路線鬥爭的說法只能假定，衛計委和孫李都同意公布，但習出於各種考慮，不同意公布。鑑於外界無從知曉李、習二人在這個問題上的真實態度，所以只能說此種情況是可能的。
另一種似乎能佐證「兩個司令部」假說的根據是，中共隨後成立了中央應對疫情工作領導小組，並且由李克強掛帥出任組長，但小組成員包括中辦主任、中宣部長、北京市委書記、公安部長等被認為是習派的人馬，而且習近平親自掌控的軍隊首腦沒有進入小組。對於這個小組成員結構，該說法解讀為，李克強擔任小組組長，表明他在此番權力鬥爭中，暫時佔上風，但習不甘心失敗，在小組裡塞進自己人馬牽制李，同時防止李借機染指軍隊，所以不派軍隊領導進入小組。
第三個證據是，習在會見WHO總幹事譚德塞（Tedros Adhanom）時，強調他一直在幕後親自指揮、親自部署，說明他不想把抗擊疫情的光環和權力讓李奪去，他要把它奪回來，顯示自己還是老大。此外，他向部隊親自下指示抗疫，也是出於這個考慮。
還有，中共最近召開的幾次會議，包括第二次政治局常委會和依法治國小組會，以及中國官媒對習在這兩次會議的講話的強調，按照這個說法，也認為是習要反擊李，削弱李的權力。
