首先，民主國家基本假設是多元政治理念的存在，而這些理念必須透過具體政策去落實。然而組改後因為部會總量減少，各部會的平均業務範圍有所成長，但扮演部長「政策幕僚」的各業務司司長，卻如以往完全由常任文官晉升，致使政治與專業間耦合困難：假如部長是由技術官僚轉任，往往整個部都由部長意志包辦（比如杜紫軍下的經濟部），但當部長是個「外人」時（比如這幾任的教育部長），政務就變成沒有重點的作文比賽。
其次，由於未能理解到部長是徹頭徹尾的政治人物，而「作家部長」、「科學家部長」或「學者部長」不過只是形容詞，所以相較於正常民主體制下，部長即該以內閣閣員的政治人物（而非所管理業務的某種技術人員）身份，主導進行跨行政單位的協調，組改後行政院仍設立大量的政務委員來進行所有政策的協調（真正的「政治決策」）。政務委員在台灣非如其他國家處理特別政務的「不管部部長」，而是握有實權卻不用接受監督的實際決策者。前國科會主委朱敬一僅管享有極高社會聲望，卻履履在內閣內遭到刁難，便是一例。
最後，這種對「專業」、「去政治」的幻想（即，「經濟部長為什麼不是唸經濟？」、「教育部長一定要學教育！」），除了擴充了政務委員的權力（與人數）外，也讓組改後的中央政府部會仍居高不下，不但缺乏正常民主國家部會組成的彈性與開放性，更使許多特別是監理性質的單位，缺乏民主國家部長制度初衷的「政治控制」，而大量掛附下行政院院本部之下，與行政院另外成立的大量「辦公室」，一起製造更多無意義的公文往返。
中央如此，從未全面檢討的地方政府組織狀況當然更糟。僅管作為「凍省」配套的地方制度法是1999年才通過的新法律，但面對當時眾多民進黨籍都會區首長對擴大地方自治權限的要求，國民黨中央政府選擇了「追認現狀」佐以擴增人事權限的保守立法。於是正如同在中央，表面上常任文官能夠「升到首長」，其實只是繼續延用有如中國古代區分「外朝」與「內朝」的官場傳統。
以台北市政府的組織發展來看，由於早期政府支出規模小，省轄市時代除了民選市長，市府的一級首長只有民政、財政、建設、工務、教育、衛生、社會、警察等八個局的局長，再加上新聞處長和秘書長等十人。根據改制直轄市首任建設局長楊基銓的回憶，由於高玉樹是黨外市長，為求政務推動不受層峰干涉，於是與國民黨達成「半數首長（包括警察局長與秘書長）由國民黨指派」的協議。因此從省轄市到直轄市早期，台北市府依黨內黨外，有兩個決策圈。
當國民黨透過修改制度，終於取得首都大位後，「內外朝」的宮庭情境卻持續著。一開始是因為沒有民選基礎的官派市長，仍得有些表現以求在國民黨的升官梯隊中取得有利位置，但在幾乎所有市府官員都有國民黨籍的環境下，市長缺乏完整的首長人事權，而必須得從不完全是自己挑選的主管中，結合自身班底與新進拉攏的首長，組成處理政治決策的市府內圈。
