「長期以來，台灣公共政策的運作，建立在一種虛妄的專家政治模式…這是一種政治上的膽怯與不負責任。膽怯，是因為政治人物不敢提出執政願景與價值，進行該有的社會協商，而將無比重大的決定交給了無法承擔此一任務的機制；不負責任，則是因為不敢為應作的政治決策明確地負起責任…」(吳泉源，＜膽怯的政治擔當！＞，2007.04.25，中國時報)
2007年，蘇花高新建爭議隨著民進黨總統初選的謝蘇不同調，而再次引起社會關注。當時的清華大學社會所所長吳泉源曾投書報端，痛批想蓋蘇花高的行政院長蘇貞昌，將決策責任從政治場域，推給看似有「專業」護體的「環評若過」。長期進行科技與社會研究卻又具備理工背景的吳所長當然清楚，混淆目標設定的政治決斷與執行的專業，將對國家運作產生何種危害。
對於社會大眾，「政治」聽起來從不如各種「專業」（比如「醫學」、「工程」、「經濟」或「文化」）討喜，但「專業」何其多？即便是不允許多元意識形態、不存在黨派政治的獨裁體制，也始終存在「政治性的」需求，而不可能如許多人天真想像的，在一定程序（不管是自古即有的公文往來或後現代的民眾網路投票）後，政治便會被淡化成單純的「治理」。
另一方面，如果不存在黨派政治，則政治與專業的分際，顯然不需要實踐於政府機關的組織設計上：反正所有的政府工作都屬於同一政黨，理論上也服膺相同的價值觀。然而，從1992年國會全面改選開始，台灣雖然成為歷經政黨輪替的新興民主國家，但倚賴既有體制內發改革的民主改革進程，造成相應的政府組織改造，僅是讓統治機制能與民選首長需求相配合（比如誰該隨民選首長進退），而非如何將選舉結果所反應的不同願景，在法律框架內透過具體施政有效率地落實。
後果便是，台灣現在雖然有了具備形式民主正當性的首長，各級政府組織卻如獨裁體制般臃腫不堪，產生龐大的溝通整合成本，選舉時承諾的施政目標只能仰賴「克里斯瑪」型執政者親自緊盯，否則只會有每年重複的零碎政策，而任何改革都窒礙難行。就中央政府而言，為了解決這樣的困境，陳水扁總統連任後便力推行政院組織法修法，但當時「在野聯盟」國親新三黨卻將之指為精簡人事，撩撥起基層公務員的恐慌心緒，也讓相關法案卡在立法院裡。
靠著國民黨的完全執政，由馬英九總統愛將江宜樺主責的行政院組織改造，最終在2010年上路，馬英九並在將之列為重要政績（號稱「歷時二十二年，換了八位行政院長與六位研考會主委」），但事實上，馬政府的組織改造仍未從效能與決策優化的角度出發，而只是像幼童玩樂高般把政府組織重新排列。到頭來，馬政府執行的組改，竟連撙節人事這個最簡單的目標都無法達成，也遺留了三個大問題。
