蔣介石啟用「白團」，在當時似乎另有一微妙的考量與作用，正如他頗有可能利用柯克及其顧問團來平衡陳誠與其軍中勢力，蔣亦有意藉著引入日本的力量，來制衡有強烈美國背景的陸軍總司令孫立人。1950年4月間，正值美國有意扶持孫立人取代蔣介石的敏感時刻，蔣在未與孫討論的情況下，即下令將駐紮新竹湖口、當時被視為台灣最精銳優良的國軍第32師，接受「白團」特別指導與訓練，成為「白團」日本教官實踐與試驗其軍事理論的對象。同時，蔣介石還決定讓「白團」參與台灣的軍事動員計畫，使日本軍官團在此一重要議題上，扮演更重要的角色。此舉令當時名義上指揮國軍全體地面部隊的孫立人，感到極度屈辱與惱怒，他對蔣抱怨國軍不應向「敵國」學習軍事，也曾向美國駐台北使館官員「告洋狀」。
隔年春天，當美國軍事顧問團在台北正式成立並開始運作之後，「白團」的存廢去留，成為顧問團團長蔡斯將軍最迫切解決的問題之一，在美國看來，美軍顧問團是無法與日本軍官團相容並存的。此時「白團」的人數已經從最初的18人增加到76人。美方認定，蔣介石之所以起用日本人，是為了向孫立人將軍及其麾下國軍部隊，傳達一重要訊息：他將無法容忍台灣的軍事防衛，完全聽命於美國人行事。對美方而言，起用「白團」也是蔣介石一貫採用的「分而治之」手腕。而當蔡斯將軍進一步理解到蔣介石聘用「白團」來教育國軍部隊將領，乃在於突顯美國那套軍事方法並不適合中國國情，且國府人士將從日本軍官那裡獲得更大軍事利益，美方對「白團」的存在，也就愈加無法容忍。當然，孫立人的抱怨肯定也影響了美方的態度：1951年上半年，國軍部隊將領們輪番被調去接受「白團」的教育與授課計畫，時間最長達3至4個月，孫因而告訴美軍顧問團稱，此一計畫已嚴重影響到部隊正常的運作，特別是當「白團」的教育訓練課程與美軍顧問團對國軍的訓練任務與要求，形成極大的衝突。
在美國強大的壓力下，蔣介石不得不妥協。1952年7月，蔣指示「白團」轉入地下，圓山軍官訓練團停止運作，「白團」成員總數也減至30人左右。但在同年11月，蔣介石以研究軍事戰術與戰史為名目，另外在台北的石牌成立「實踐學社」，由彭孟緝擔任「主任」，白鴻亮等人也以教官名義，繼續低調進行培訓國軍中高階將領的業務。此後「實踐學社」又繼續運作了17年之久，直到1969年初，最後4名日本教官結束任務返回日本。據統計，「白團」存在於台灣近20年的時間裡，估計有超過1萬名國民黨高級軍官，接受其軍事培訓計畫與課程。
