三月十七日，南部某所國立大學傳出有武漢肺炎疑似病例，校方緊急以簡訊通知學生勿到校上課。在此之前，東吳與文化大學的音樂系兼任教師因與染病的澳洲音樂家狄恩（Brett Dean）同台表演，部分課程已經暫停十四天。
實施點名制以掌握出席名單
中央流行疫情指揮中心規定，只要一名師生被列為確定病例，該師生所修課程都停課；有兩名師生確定病例，該校（區）停課。隨著歐洲疫情爆發，衛福部長陳時中表示未來十四天是疫情關鍵期，因此各大專院校不得不加緊腳步研議遠距教學。
中原大學率先起跑，自三月二十四日起採取「類似非同步遠距教學（無面授）的彈性教學」，並宣布取消期中考與期末考，一萬六千名學生都不用到校上課。台大也宣布，一百人以上的課程自四月六日之後改為遠距課程，有近三百門課受到影響。
早在開學之初，各大專院校考量中港澳地區學生，已經要求相關教師學習遠距的同步或非同步教學，另外有個別學校或老師實施點名制或固定的梅花座安排，就是為了防堵疫情，甚或在個案確診時能掌握同一課堂的出席名單。
相較於高中小學的課程有課綱可以依循，官方與民間早就分頭建置線上學習平台；大專院校的授課型態以教師為主，大學教授們必須各自錄製課程影片，或另開同步教學視窗，但因沒有共同的教材或素材可以使用，搞得老師們只能兄弟登山，各自努力。
遠距教學大致分成兩種：一種是非同步數位學習，類似目前各國高中小的數位學習資源庫，由各個老師將教學影片或內容上傳，學生不限定時間觀看，且可隨時倒轉；另一種則是即時同步數位學習，老師與學生可以透過線上共同會議或聊天室直播，在授課過程中即時互動。
陸生「翻牆」上課畫面品質差
台大教務長丁詩同指出，非同步遠距教學較適合大班制的講授課程，教師可先用軟體錄製教學影片，再上傳到數位教學平台，供未能上課的學生觀看；同步遠距教學因為需要穩定、高品質的網路環境，比較適合小班制、注重即時和同步討論的課程。
根據教育部統計，目前約有六成港澳陸生在境外沒有返台上課。台大是全國港澳陸生最多的學校，沒有返台上課的學生約有五一九人，已有至少三千門課使用遠距教學。另外，銘傳與逢甲大學有一五○○門課有遠距教學的需求，淡江與輔仁大學則分別有近兩千門與二五○○門課。
開學兩周以來，不少老師首先採用線上直播平台救急，將手機架在教室，透過Youtube或臉書直播課程。成大則招募「直播小天使」協助部分課程的直播工作。不過陸生遇到的問題是，中國的網路無法直接登入老師們使用的直播軟體，上課必須翻牆，經常發生因網路不穩而影響上課品質的狀況。
