行政院在8年8800億前瞻基礎建設中，編列2507億治水預算，接著就傳出放寬家用水庫集水區開發規定。而且是在關門開會下，推翻過去三年來，內政部開了近10場公聽會、20場區域計畫會議的決議，完全不把公民參與、專家審查當回事。更荒謬是一邊借貸花大錢治水、一邊卻在做加重水庫集水區汙染的事。
內政部原擬定「國土計畫法」做為國土利用指導原則，但因此法遲遲未過，先以1982年實施的「區域計畫」暫代。2009年莫拉克風災後，水庫集水區崩塌嚴重，為了搶救水庫，將區域計畫做了第一次變更，嚴格禁止水庫集水區開發。
(註：國土計畫法已於2016年5月實施，但有6年緩衝期，這6年的國土利用還是以「全國區域計畫」為主。)
災後，土地管制全放寬
但莫拉克風災事過境遷，政府又動了集水區開發念頭，2013年10月再度修訂區域計畫並更名為「全國區域計畫」，將原本北、中、南、東四個區域計畫整併為中央、地方兩級。另外再把「限制發展區」、「條件發展區」合併為「環境敏感區」，底下再分為一級環境敏感區、二級環境敏感區。
這種分級管理方式，目的就是為了放寬環境敏感區的開發規定。例如，水庫集水區過去屬「限制發展區」，禁止開發。修正後將水庫集水區分兩級，家用水庫屬一級環境敏感區，雖管制較嚴，但還是允許有條件開發。非家用水庫屬二級環境敏感區，管制更鬆。也就是說，水庫集水區已通通放寬可以開發。
不久環保團體得知後到內政部抗議，內政部同意開公聽會，於是從2013年10月起舉辦近10場公聽會，也在內政部區域計畫會議中，由專家委員經過近20次討論。前後三年，2016年9月終於做出初步結論，送行政院核定。
新版的全國區域計畫，把原本家用水庫集水區可以開發的規定，再改回來變成一律禁止開發。依《區域計畫法》第15-1條規定，為了開發利用要變更土地分區時，必須送內政部區域計畫委員會審查，許可後才可以開發。
審查依據是依《非都市土地開發審議作業規範》，奇怪的是，這個規範的家用水庫不是依事實認定，而是有公告的才算數。全國66座家用水庫，內政部只公告22座，只有這22座水庫才受管制，其他沒公告的就管不到。
2016年5月內政部修改這個規範，水庫集水區改以事實認定，是水庫集水區，就是水庫集水區，不必再經由公告。以前水利署還可以透過公告來閃避開發規定，現在一翻兩瞪眼，自此66座家用水庫一律禁止土地變更。
各位一定覺得奇怪，水利署負責供水安全，應該恨不得水庫集水區管嚴一點，才能減少淤積風險，為什麼反而支持水庫集水區開發？原因是縣市長、立委紛紛找上門抗議。2016年9月22日內政部舉行區委會，確認全國區域計畫送院版本，就因為水利署反對而保留水庫集水區管制項目，由行政院再討論。
