台灣的農田水利會歷史由來已久，水利會不僅土地資產錯綜複雜，還掌握農水路的工程利益分配，隨著台灣社會都市化，不少水利用地如今都位在都會區黃金地段，舉例來說，全台埤塘密度最高的桃園，所有權歸水利會，讓桃園水利會成為航空城最大地主，水利會的利益糾葛如千絲萬縷，即便是民進黨也不得不妥協。
台灣農田水利會除了缺水的時候上新聞之外，其他時間很少受到國人關注，偶而見諸報端，卻和農田水利扯不上關係，舉例來說，去年總統大選期間，高雄市長韓國瑜夫人李佳芬祖墳，蓋在雲林水利會土地，引發外界爭議就是一例，全台17個農田水利會長期以來，掌握農水路建設資源分配，讓它在地方成為一股不可忽略的勢力，今年立委改選，民進黨與國民黨就各自產生1席水利會背景的立委。
水利會工程黑函不斷 陳吉仲：改制後提高會務透明度
根據監察院107年審計年報，全台農田水利會自1990年停徵會費，改由政府編列預算補助，農委會在2013年至2017年間，累計補助會費111億元，補助各項農田水利建設及營運改善費用168.8億元，即便農委會長期補助，水利會卻還得靠變賣資產籌措財源，自籌財源比率僅5成左右，部分農田水利會甚至未足額提撥員工退撫基金，讓農委會很不滿意。
農委會主委陳吉仲先前推動「水利會改制」，曾與水利會公開對槓，批評水利會每年從農委會拿到20幾億元工程補助，但是工程發包過程卻黑函不斷，當時陳吉仲揚言，水利會未來改制公法人後，水利會推動所有工程，都必須依據《政府採購法》推動，提高會務運作透明度。
儘管，農委會今（9）日端出《農田水利法》草案，強調過去每年補助水利會60億元的預算，還是會繼續挹注到17個作業基金，但為減少農水路工程發包弊端，農委會今天端出的《農田水利法》，要求一定規模以上農田水利設施工程，必須取得專業技師簽證。
水利會無償占用私人土地 謝勝信：改制後將逐年徵收
農田水利會不僅在財務上有待健全，在土地的使用管理上，也問題叢生。根據農委會統計，農田水利會從日治時代開始，不少水利設施是蓋在私人土地之上，國民政府來台後，頒布《農田水利會組織通則》，允許水利會無償「照舊使用」私人土地，面積廣達2910公頃，如今，農委會10月1日「概括承受」水利會資產，這些被無償佔用之私人土地，到底該怎麼解決，農委會方面也使出了「拖」字訣。
農委會農水處處長謝勝信表示，全台水利會灌溉設施，雖然有佔用私人土地部分，但同時也有民眾佔用水利用地，未來水利會改制後，私人土地部分仍將沿用「照舊使用」之規定，但為了解決佔用問題，17個水利會改制成立的作業基金，未來若處份土地資產，「將提撥一定比率作為購地準備，逐年將佔用土地徵收回來。」
《農田水利法》賦予水利會公權力 可裁罰、封管偷排廢水
不過，為了解決灌溉溝渠長期遭地下工廠偷排廢水問題，農委會這次在《農田水利法》也拿出了改革的決心，該法規定，農田水利設施範圍內，不得擅自排放非農田之排水，「但符合灌溉水質基準值者，得檢附計畫書，向主管機關申請許可排放」，農委會方面希望藉此落實「灌排分離」政策。
該法同時規定，農田水利設施範圍內，非經許可不得擅自施設銜接農田水利設施之溝渠、箱涵、排水管線或其他構造物，既有之工業廢水管線，如果排廢廢水有危害人體健康、農業產業或生物安全之虞者，農委會得立即拆除或採取其他必要處置。
謝勝信表示，全台17個農田水利會，管轄台灣6成水資源，但卻無公權力，對於偷接暗管排放廢水的地下工廠，無法予以取締，《農田水利法》立法後，將賦予水利會員工裁罰的公權力，未來銜接灌溉溝渠之管線廢水，如果未達水質保護標準，水利會得逕行「封管」。未經主管機關許可，擅自排放非農田之排水者，將處3萬元以上60萬元以下罰鍰。有危害農業產業、生物安全或人體健康之虞者，得加重其罰鍰最高額至2000萬元。
