民進黨政府去年1月挾著立院絕對多數，通過《農田水利會組織通則》修正案，全台15個農田水利會，將於明年10月正式改制為公務機關；然而，對於農委會來說，15個農田水利會的改制，恐怕只是問題的開始。根據監察院106年度中央政府總決算報告，全台水利會目前每年就水利會退休職員1995年以前年資，提供5%至12%不等的優惠存款，讓退休職員因此增加50至100萬元左右利息收入。根據審計部統計，目前全台15個農田水利會，每年優存的利息負擔達1.5億元。在軍公教人員與公股銀行優惠存款都已訂定限期落日規定的今天，農委會竟然對農田水利會的優惠存款按兵不動。
台灣農田水利會的存在，部分可以遠溯清朝時期，包括台北的瑠公圳、高雄的曹公圳都是在清代開鑿。由於農委會方面主張，農田水利會長期以來，在農業灌溉設施的建設上，雖代表政府機關執行公務，但因為沒有賦予相對應公權力，導致水利會在執行地下工廠違法搭排的執法上力有未殆，每4年改選1次的理監事會更成立地方派系角力的戰場。
根據審計部統計，農委會在2013到2017年累計補助水利會會費以及水利建設之營運改善，合計預算高達280億元，平均每年補助金額高達56億元；然而，各縣市水利會在執行預算過程卻弊端叢生，農委會主委陳吉仲表示，農委會每年收到大量水利會檢舉信函，「包括會務運作、灌溉工程發包可能衍生問題」，未來水利會改制為公務機關後，水利會推動所有工程都必須依據《政府採購法》推動，可以大幅提高會務運作透明度。
不過，農田水利會的歷史錯綜複雜，未來改制為公務機關之後，既有水利會職員的工作權益能否維持不變，農委會迄今仍沒有具體答案。
「待遇比照公務員，還有最高12%優存和高額退休金」
據了解，農委會為了因應水利會改制後，服務範圍從既有31萬公頃的灌溉區，擴大至灌溉區以外的灌溉區外的37萬公頃的「非灌區」，過去幾年一直在招募新血，每年開缺人數高達上百人，並且以「薪水比照公務人員36K起跳」作為號召；但為了避免退休公務人員轉任可能衍生的「雙薪肥貓」問題，在新進人員的招募辦法中，特別要求退休公務人員再任農田水利會有給職務，月退休金和優惠存款均須暫停發放。
不過，全台15個農田水利會，目前針對前會長在內的退休職員，仍然提供5%到12%不等的優惠存款。水利會退休職員優惠存款，目前全部轉存於土地銀行。
據了解，目前水利會的錄取考生，所有福利待遇比照公務人員普考，除了保障年終獎金1.5個月、考績獎金1個月之外，水利會還提供員工「輔建住宅低利貸款」，由水利用地改建住宅，以土地之公告現值出售給在職員工。據估算，水利會員工的退休金大約在330萬到340萬元左右，在職或退休員工1995年以前之年資還可享優惠存款待遇，若以公告利率加7%計算，相當於增加50萬元的退休金。
