行政院曾在2013年時進行組織改造，現在的二級機關原子能委員會預訂降為三級行政機關。原能會主委謝曉星17日下午接受立法院教育文化委員會質詢時坦言，就他個人立場，希望原能會維持在二級機關，且要像國家通訊傳播委員會（NCC）一樣超然獨立，或如同中央研究院般直接隸屬於總統府。
國民黨立委蔣乃辛提問，原能會直接隸屬於總統府是否就能維持超然獨立？如果總統對專業有不同意見聽誰的？謝曉星回應，原能會獨立自主，當然是以自己的專業為主。
針對核二廠裝載池改建，核四廠將用過燃料棒格架移來核二廠使用一事，蔣乃辛質疑，只因總統蔡英文講過「今年夏天不會缺電」，原能會就在4月6日將此案通過，難道就有秉持專業獨立不受干擾？
謝曉星表示，去年8月中旬台電提出改建核二廠裝載池，原預定需要9個月觀察期。原能會提前一個月在4月6日核定，主要是因為台電的審查過程及委員相關詢問，回覆都有非常積極的結果，各審查過程都有公開上網，供全民檢視。
