為了決定誰是日本棋界的王者，《讀賣新聞》主辦了「吳清源、木谷實擂爭十局棋」，這就是日本圍棋史上著名的「鎌倉十番棋」，至1940年10月第六局下完後，吳清源5勝1敗，將木谷實的交手棋份降為「先相先（即三局中兩局執黑）。到1956年為止，吳清源將所有對手都擊敗，成為圍棋界的第一人。
中日戰爭的最後兩年，篤信新興宗教「世界紅卍字會」、「璽宇」的吳清源為生活和信仰所驅使，顛沛流離於日本各地，完全脫離棋藝生涯。1947年，《讀賣新聞》尋訪吳清源，安排他與橋本宇太郎八段進行「十番棋」。第一局吳清源執黑先行，但以五目告負。第2局吳清源執白仍不見起色，弈至中盤已呈必敗之勢，但橋本突然多次下出錯著，吳清源僥幸獲一目勝。從第3局開始，吳清源恢復本來面目，勢如破竹，至第8局結束，吳清源6勝2負將橋本降級至先相先。
吳清源自戰前的「鎌倉十番棋」開始獨霸擂台，連續15年的升降十番棋中，將日本所有一流棋士與之對局的交手棋份一一降級，不是降為相差一段的先相先，就是降為相差二段的定先。這16年是吳清源的全盛時代，因此被稱為「吳清源時代」。直至後來吳清源無人可戰，升降十番棋不得不結束。此後，吳清源被稱為「十番棋之王」、昭和棋聖。
1961年，吳清源47歲，棋力仍然保持日本第一，與阪田榮男並列第三屆「日本最強決定戰」冠軍。日本名人戰同意吳清源參加，他很有希望奪取冠軍。但是有一天吳清源出門散步的時候，一輛摩托車把他撞倒，導致右腳和腰部骨折，住院兩個月才出院，並留下頭痛的後遺症。從此吳清源再也沒有恢復棋力。
1965年，吳清源全敗跌出名人循環圈，巔峰生涯結束。吳清源的弟子不多，其中以林海峰、王立誠和芮迺偉最為著名。
今年11月23日，中國各界在北京會議中心為吳清源舉行百歲壽辰慶祝會，物理學大師楊振寧、京劇藝術家梅葆玖、影星張震等到場致意，吳清源女兒吳佳澄感謝大家的祝福。聶衛平等中國圍棋界眾多知名人士也到場祝賀，王汝南代表中國圍棋協會授予吳清源圍棋發展傑出貢獻獎。
吳清源除了在棋壇叱吒風雲，也被捲入20世紀劇烈動盪的中日關係，曾經三次改變國籍。1931年九一八事變之後，中日關係惡化，為了自身安全和養家活口，吳清源在1936年，加入日本國籍，改名「吳泉」。日本戰敗之後，一些旅日華僑強迫吳清源在1947年放棄日本國籍，恢復中華民國國籍。1970年代末，吳清源因為自己的國籍影響子女的婚姻、就業，再次申請加入日本國籍，1979年申請獲准。
由中國第五代著名導演田壯壯後來將吳清源的傳奇故事搬上大銀幕，《吳清源》由張震飾演主人翁，張艾嘉、松坂慶子、伊藤步、柄本明參與演出，2007年5月24日在香港上映。
