科技部國研院「代表進駐」、經濟部人力吃緊南遷恐「難遷」
科技部與經濟部內部，對於哪些單位該配合南遷，也傷透腦筋，根據科技部規劃，科技部負責的科學城C區部分，2017年度預計進駐人數為99人，2021年將增加至416人，由於科技部沒有像經濟部下轄的工研院，有綠能直接相關的單位，為了配合南遷計畫，科技部初步決定由國家實驗研究院「代表」進駐，科技部官員表示，國家實驗研究院共有10個研究中心，目前在竹科、中科、南科都有研究中心，未來將由綠能相關的奈米晶片研究人員進駐沙崙。
經濟部方面，由於未來組改後將轉型為經濟及能源部，能源局將升格為能源署，原能會多數人員也將併入能源署，目前要負責規劃執行太陽光電2年期計畫與離岸風電4年期計畫，在人力上就已左支右絀，現在還得在組織架構尚未明朗以前，將部分人力遷到台南，執行上困難度頗高。
能源局官員表示，經濟部在綠能科學城，為負責D區綠能產品測試驗證中心與綠能實驗場域的開發，該中心未來是否將以行政法人方式運作，目前還在評估當中，由於未來能源局升格能源署後，未來業務將更為吃重，現階段很難再將部分人力遷到台南。
由於政府部會南遷，都會面臨基層公務人員反彈，正式編制的公務人員配合南遷意願本來就不高，喬來喬去，最後倒楣的都是不具公務人員身份的附屬財團法人，工研院內部人員表示，工研院綠能所大約有7、800人，該所員工已被告知將遷往台南，讓工研院內部都有「金包銀」的感嘆。
