對很多觀察者來說，戰爭的恐怖和戰後縈繞不散的淒涼是由很多意象和經驗構成的；而在這些意象和經驗中，又以他們在江南遇到成堆無人認領的無名屍和四處散落的白骨最為顯著。有一位作者回憶當時的一次旅程，寫道，他途經安徽時，每踏出一步他的腳都會碰到屍體，而這些屍體仍留有餘溫；他覺得，人到了這一步真不如螻蟻。他也看到了一些橫屍路上、衣服被剝光且被砍頭的「長毛」，認為他們應該是被當地百姓所殺。一八六○年，《傳教士雜誌與編年史》（The Missionary Magazine and Chronicle）發表了楊格非（Gri_th John）牧師的一封信，信中描述說，他在一個可怕的夜晚乘小船穿行「在高度腐壞的屍堆中」。
這些屍體本身就是對戰爭及其發動者的沉默控訴。當了好一陣子太平軍俘虜的李圭，在其回憶錄〈思痛記〉中談及一個滿是屍體的房子：死者多到活人都沒地方睡覺。他還描寫了一個大村莊的殘破景象：
臨河大樹以百計，樹下個有死屍一二具，反縛樹身，肢體焦黑無完膚，樹亦無枝葉。
對李圭而言，這些屍體是交戰雙方對江南百姓施暴的無聲證據。死者屍體被賤待，甚至遭到褻瀆。在遺體被肢解、被惡意破壞後，他們身後的人性被剝奪了。對戰爭暴行的類似記憶隱含了種種質疑：在戰後，朝廷是否還是值得尊敬並效忠的對象？戰後的歷史書寫，是否應該堅持把這場戰爭描述為一場擊敗太平軍、重新征服江南的正義之戰？
除了擔心沒有下葬的屍體會變成厲鬼之外，當時的資料顯示人們還很擔心疫病問題。當曾國荃（一八二四－一八九○）在一八六一年包圍太平軍重鎮安慶時，他的兄長湘軍將領曾國藩寫信給他，表達了憂慮：
弟處殺人甚多，腥臭之氣，嚴暑熏蒸，恐易生病，又加日夜防守，余實不放心。宜將賊屍設法埋之，或用舊船載棄大江之中，何如？
在之後的一個禮拜，曾國藩還是很擔心屍臭的問題，建議弟弟應該試著焚燒一些乾大黃。大黃是一種常見藥材，也是製香的原料，焚燒後可減輕異味並降低疫病傳染的風險。
關於平民死難者的問題，無人收殮的屍骨意味著戰爭受害者的無辜與無助，也代表著戰爭倖存者所要面對的道德和身體挑戰。根據李圭的說法，被迫行軍穿越江蘇南部的俘虜，如果太虛弱而跟不上隊伍的話，就會在蹲下想休息一會兒的時候被砍死，他們的屍首會被棄於路邊。這一帶遍布水道，而那些想要跳水逃跑的人，會被刺死或射死，百人之中無一人得以倖免，以致最後水都被染紅了。還有一次，李圭驚恐地發現自己赤腳踩穿了一具腐爛屍體的胸腔；當時泥地上遍布腐屍，而如果他自己不站好而被踩踏，或是惹怒走在他前面的太平軍而被殺掉，也會讓自己變成一具腐屍。
