世界衛生組織4月建議，武漢肺炎死亡人數統計應納入不治的疑似患者。印尼官方至今未公布這項數字，媒體及民間彙整醫院及地方政府的資料估計，染疫死者約官方資料的4倍。
印尼時代報雜誌（Tempo Magazine）近期報導，根據印尼政府疫情防疫小組統整醫院彙報的資料，2019冠狀病毒疾病（COVID-19，武漢肺炎）至7月3日造成1萬3885人死亡。當天防疫小組公布的累計死亡人數是3036人，不到前者的1/4。
4月28日路透電報導，根據約占印尼2億6000萬人口3/4的16省統計資料，確診加上疑似病患死亡人數2905人，約為印尼官方確診病患不治693人的4.2倍。
發起民間關注疫情資訊小組（KawalCovid19）的共同創辦人艾利納（Elina Ciptadi）告訴印尼網媒Asumi，她對時代報揭露的數字不感到訝異，「我們自20省取得的疑似病患死亡人數將近萬人，如果有全部34省的資料，數字會差不多」。
近日在疫情例行記者會上，印尼政府疫情防疫小組專家團主席威古（Wiku Adisasmito）再度被問到這個數字落差，以及為何不依世界衛生組織（WHO）建議，修改死亡人數的統計方式。威古和過去一樣，沒有正面回答。
威古說，實驗室、醫院的資料經衛生部彙整後，再送疫情防疫小組整合，依WHO的通報原則分類，也就是說，「醫院的資料還需進一步分析」。目前死亡人數仍未納入不治的疑似患者，「但相關資料都有作為擬定防疫政策的指標」。
世界衛生組織4月對2019冠狀病毒疾病死亡人數重新定義，臨床症狀符合新型冠狀病毒的疑似患者死亡，若沒有其他可解釋的死因，應納入死亡統計，以便更全面了解疫情。
印尼截至7月18日通報單日新增1752例確診病例，累計8萬4882例，其中4萬3268人康復，死亡人數新增59人，共4016人。另有疑似病例3萬7593例。
同日單日新增聚合酶連鎖反應（PCR）檢測的檢體數是2萬5552例，累計篩檢檢體達120萬1014個，因每名患者可能篩檢不止一次，累計篩檢人數僅69萬7043人。
WHO在15日針對印尼疫情發表的最新週報表示，印尼的篩檢能量已明顯提升。但要能得知正確的感染人數，每週每1000人中至少要檢測一人，而目前在疫情占印尼6成以上的爪哇島，只有雅加達高於這個檢測基準。
世衛組織過去要求，就醫治療後康復的患者須經至少2次PCR檢測，結果陰性才能出院，因此印尼的篩檢大多數是針對確診患者。WHO在報告中表示，印尼檢測能力明顯改善，但截至10日的資料顯示，只有58.8%的檢測用於篩檢疑似患者。
WHO表示，印尼疑似患者的死亡比確診患者死亡高許多。例如，6日至12日間，雅加達有95名疑似患者死亡，高於44名確診死亡；在東爪哇，有256人疑似患者死亡，高於195名確診死亡；在中爪哇，有120名疑似患者死亡，高於96名確診死亡。
世衛組織在報告中表示，患者二次採檢陰性才能解除隔離的標準已在5月放寬。由於印尼針對疑似患者的採檢率特別偏低，PCR檢測應該優先用於疑似患者。
根據WHO建議的標準，要找到所有感染個案，每發生一個確診病例，就必須做10至30個檢體篩檢。印尼離這個目標還有一段路要走。
