在釣魚台領土爭議（中國稱釣魚島、日本稱尖閣諸島）方面，李登輝曾表示釣魚台在過去是日本領土一部分，只是在日本統治台灣時代被劃分給台灣台北州等，遭到國民黨籍人士和多方抨擊。
在最敏感的南京大屠殺問題上，李登輝也曾質疑南京大屠殺的死亡數字有爭議，同樣為此遭到痛斥。
「武士道」和台灣民主
李登輝在台灣推動民主改革也與日本有某種關聯。
台灣政治大學台灣研究中心教授李酉潭曾對BBC中文分析，李登輝曾宣稱自己是用武士道「捨身取義」與基督教奉獻的精神來推動台灣的民主化。或許日本政界有人對「武士道精神」感到受用，產生共鳴。
日本過去在明治維新後，快速成為現代化軍事強國。但是民主主義的推動，要到二次大戰後，麥克阿瑟將軍在日本推動新憲法，方才賦予日本人民主自由與普選，並非日本人由內而外自發性改革，因此對於李登輝崇尚「武士道精神」推動台灣民主改革，日本有不少人產生好感。
李登輝卸任後勤於用日文寫書與發表時評，也出了不少暢銷書。日本首相安倍晉三曾將李登輝的書列為2015年新年假期必讀清單。
李登輝把日本當作宣揚自身政治理念的最好舞台，而日本的態度則比較微妙，在給李登輝提供發揮空間的同時，也需要顧及與中方修復和維護關係。
在不少人心目中，李登輝是個「前日本人」，他們對他去世表示哀悼，而不少對他生前言行無情抨擊的人對他去世的反應則截然不同。
