前總統李登輝於七月三十日晚間與世長辭。《新新聞》掌握，為了李登輝應該如何安葬，總統府曾與李登輝親友祕密開了六次會議。據了解，其中曾有一段重要討論，即有人提出，若「依照」《國葬法》，李登輝可能要被葬到南京，當場所有人面面相覷，於是立刻大轉彎，把「依照」《國葬法》辦理，改為「準用」《國葬法》部分條文。
李登輝過世後，總統府就發布，由總統明令治喪大員，總統府秘書長蘇嘉全負責召開治喪工作會議。《新新聞》調查，其實總統蔡英文早已下令府方規畫李登輝後事安排，府方也早於三月前就開始「超前部署」。
總統府的超前部署機密會議中，討論到李登輝後事如何以國葬處理。據指出，有與會人士提出依照《國葬法》辦理，但當場被反駁，因為若依照《國葬法》第七條規定：「內政部應會同首都所在地市政府，於首都擇定地點設置國葬墓園，呈請行政院核定之。」即李登輝必須安葬在「首都」。若依照《憲法》，中華民國首都可能在南京。
中華民國首都究竟在南京還是台北市，有過一番爭論，若真要吵起來會讓李登輝後事平添煩擾。李登輝若被葬到南京，既不符合政治現實，也有違他生前表示永遠與台灣在一起的意願；此外，即使前總統馬英九與教育部都曾說首都是台北市，但台北市並沒有「國葬墓園」。
為避開李登輝依照《國葬法》必須葬在首都的爭議，據指出，府方會議中將「依照」《國葬法》，改為「準用」《國葬法》部分條文，如此即可挑選其中適用的條文，例如降半旗、設立國葬典禮辦事處等「準用」，毋需全部依照；如此可為李登輝一定要葬在「首都」國葬墓園解套。
雖然《國葬法》也有例外情況，依照第十一條規定：「凡國葬均應葬於國葬墓園，如願擇地另葬者，應經行政院核准，由受國葬者之家屬領費自行安葬，但仍應於國葬墓園內建立碑記。」但這代表家屬必須自行另覓安葬地，且需由行政院核准。但李登輝家屬之前並未對府方表達有自己屬意之地，於是國家先代為挑選新北市汐止五指山的國軍示範公墓的特勳區墓地。
不過，最終李登輝安何處，總統府也表達會尊重家屬意見。
