阿富汗當局表示，該監獄拘押的囚犯包括與IS和神學士有關聯的罪犯，截至3日晚上為止，仍有330多名囚犯趁亂逃逸，尚未抓回。阿富汗政府一貫認定，神學士與IS兩大恐怖組織之間互有聯繫，在培訓聖戰士、襲擊與策劃方面彼此協助，然而神學士已主動撇清與這次襲擊的關聯。
阿富汗官方不信任神學士，雙方和談前景黯淡
阿富汗政府明顯不信任神學士，內政部長在一條推文中稱當神學士、巴基斯坦「哈卡尼網絡」（Haqqani network）等極端組織的武裝分子「進行了政治上不合適他們的攻擊時」，就會把鍋丟給IS來背。
阿富汗政府會產生懷疑不是沒有原因，賈拉拉巴德監獄的襲擊行動與神學士過去襲擊監獄的模式幾乎相同，2015年神學士突襲加茲尼（Ghazni）監獄，釋放350多名囚犯，也是先引爆汽車炸彈、炸開監獄外牆，隨後才由槍手闖入接管監獄。
阿富汗政府與神學士之間的猜疑，恐怕威脅到正式和談的進展。神學士（Taliban）2月與美國政府簽署和平協議，但由於雙方在換囚事宜上仍有爭議，和平會談已經多次延遲舉行。雙方的爭端在於，原本美國與神學士商定在和談之前釋放雙方5000名囚犯，作為釋出和談誠意，然而神學士尋求釋放與致命恐怖襲擊有關的數百名聖戰士，遭到阿富汗政府官員和國際人權組織反對。
幾個月來，阿富汗官員還擔心，一旦神學士參加和平談判，旗下感到不滿的聖戰士可能轉而加入IS等其他武裝團體，使IS獲取更多戰場專業知識和對抗美軍的戰術。阿富汗總統賈尼（Ashraf Ghani）本周向神學士呼籲進行換囚細節商談，如果雙方進展順利，神學士和阿富汗政府之間的正式和談有望在本月下旬展開。
