陸委會與國臺辦的直通管道，陸委會沒讓各部會知道，也沒告訴海基會。因為形式上，兩岸政府間的接觸都應該透過海基會與海協會兩個白手套搭建的制度化協商平臺，陸委會與國臺辦跳過海基與海協，直接通上話，逾越了兩岸政府互不承認的現實尺度，在政治上很敏感。蘇起後來對媒體提到兩岸間有二十條管道，我推測，陸委會與國臺辦的直通管道，算是是其中之一，蘇起任職國安會祕書長時應該清楚這條管道的存在，因為管道建立之初，劉德勳副主委便提醒賴幸媛主委，必須向上呈報，沒有國家高層點頭，陸委會與國臺辦的直接聯繫只是私通，參與的人有觸法嫌疑。
陸委會與國臺辦的直接聯繫管道，是賴幸媛啟動的。兩岸恢復制度化協商後，協議愈簽愈多，談判事務繁忙，幾十年互不往來的兩個政府打起交道來，卡在雙方制度不一樣，各有規定，太多急難雜症得處理。臺灣方面有事情與大陸談，每次都得透過海基會先約好陸方，我方組成談判團隊後，海基會把我方團隊名單傳給海協會，對方也比照辦理，然後雙方碰頭協商。帶著手套搔癢，不只程序煩人，而且效益低，遇到重大爭議情事，更是緩不濟急。賴幸媛一直主張，陸委會必須能直接、迅速且正式地，跟國臺辦談上話。
特別是ECFA的協商，牽涉的範圍廣，工商農牧漁的關稅調降、市場准入、人身保護都得談，臺灣方面超過十個部會被捲入，輿論意見也多。加上國臺辦與陸委會都面臨了內部政治的問題，陸委會與經濟部意見不合時，偶爾得借力使力，拿國臺辦的話來框住經濟部；國臺辦幾次與他們的商務部搶主導，也藉助陸委會的主張來應付商務部。大陸官員曾私下吐苦水說：「這次打仗很辛苦，如果是亞夫來領軍就不會這樣子。」亞夫指的是國臺辦副主任孫亞夫，有謀略且處事明快、有擔當，大陸官員認為如果是孫亞夫擔綱談判事宜，就不會大權旁落商務部。這或許是實情，但也不能怪大陸商務部搶主導權，畢竟ECFA不只是兩岸間的事，各國正與中國大陸談自由貿易協議的，也盯著在看大陸與臺灣談出個什麼結果，如果臺灣談出了個很優惠的條件，各國就會向中國大陸要求比照辦理。
同理，大陸也很注意臺灣與他國簽訂自由貿易協定的進展，新加坡前總理李光耀曾私下透露，王毅曾特別拜訪他，希望臺灣與新加坡協商的臺星經濟伙伴協定，條件不能超越ECFA。
ECFA的協商對國臺辦而言是多重棋局，陸委會的情況也類似，除了要尊重經濟部等部會所面臨的民間產業壓力，也得盡可能向立法院公開談判進度並因應在野黨的批評，賴幸媛個人並特別關注中小企業與農民的生計，期待弱勢傳統產業不會受ECFA的衝擊，而且可以受益。
