監院從陳菊上任首日擬成立院際協商小組，到第三天改為「院際聯繫小組」，從原幕僚代表提升到監委層級，監委蔡崇義當召集人、紀惠容為副召集人，促兩院行政事務透過先行研議形成共識，達到良性互動。
院際聯繫小組定調後風波漸息，但另一爭議又起。在野黨與媒體緊咬陳菊人事任用權不放，國民黨台北市議員王鴻薇酸陳菊，才上任就一口氣用滿五位機要秘書，還都是前高雄市政府官員，是要把監院變小高雄市政府嗎？
五位機要分別是前高雄市行政暨國際處長陳瓊華（陳菊辦公室主任）、前高雄市長室副主任謝博任、前高雄市長室機要林伊辰、前高雄市政府秘書葉曉岑、前高雄市政府環保局官員洪語青。
一位第五屆前監委說，陳菊依法固然可任用五位機要人員，關鍵在「觀瞻」問題，畢竟陳菊接監院龍頭因政黨色彩重而被批評，如今進用幕僚又是「菊系人馬」，難免被放大檢視。
王建煊用兩機要，張博雅也用五位
劉文仕為陳菊緩頰說，陳菊任用五位機要人員是法令賦與權責，完全符合任用規定，且她與前院長張博雅都滿編任用五位機要並無不同。
但這位前監委說，依法行政固然重要，但陳菊若能再拉高標準，如比照前院長王建煊，機要用兩位、警官隨扈由五人減到一人，也許更有助化解在野黨對她的疑慮。
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