康克由連自己的親戚也不放過，他的一名妻舅被送入S-21監獄，仍遭到酷刑處決。他向法庭供稱，他的2個姐妹、6個侄子與侄女也在赤柬執政期間喪命。
S-21集中營現在成為紀錄赤柬暴政的「堆屍陵屠殺博物館」（Tuol Sleng Genocide Museum），其中包括將人犯視為「醫學實驗」的「白老鼠」，還讓沒有執照的醫學院學生直接替他們進行外科手術；金邊特別法庭指出，無法釐清這些受試者是死是活。根據康克由的起訴書，監獄甚至任意抽取囚犯的血液，替受傷的赤柬士兵輸血，1000多名囚犯因為血被抽乾而喪命。
「我恐懼萬分，充滿難以形容的悔恨」
1979年，越南軍隊擊潰赤柬後，其暴行才曝光，康克由隱姓埋名一度逃到中國，在北京外國語大學擔任柬埔寨語教師，1986年回到泰柬邊境一處學校重拾教職。1995年，他開始參與福音派基督教會活動，並受洗為一名牧師，沒過多久，他的真實身分被揭穿，時值政變動亂，他帶著家人逃到泰國難民營。但是康克由曾擔任劊子手的惡劣行徑受到國際媒體大肆報導，行蹤再也瞞不住，1999年他返回金邊向當局投降。
在長達3年的審判中，康克由有時表現出懺悔和道歉，有時則展現出防禦及卸責姿態，他曾否認自己親手殺害任何人，但一名證人表示，她目擊康克由用一根金屬棒將他的兩個叔叔毆打致死。
康克由2008年在檢察官陪同下重返S-21時，終於被愧疚感擊潰，他說：「走進這個地方時，我恐懼萬分。我充滿了難以形容的悔恨……我以S-21主任的身份參與了危害人類罪。」然後，他向「所有遭受苦難的受害者」表示歉意，他崩潰痛哭，發出淒厲的哀號。
赤柬殺人機器的齒輪
他坦承自己犯下的所有罪，2009年出庭認罪時表示：「我永遠都會向死者的靈魂致以最謙卑的歉意。」然而當時康克由還向法院請求獲得寬恕，他與所屬教會都堅稱，康克由只是「赤柬殺人機器」中的一個「齒輪」，法院駁回他的請求，強調「他的領導作用和對犯罪的特別熱情」是法官加重判決的事由。
金邊特別法庭2010年裁定康克由犯有危害人類罪和戰爭罪，強調死於他手下的受害人數「可能遠多於」1萬2380人；2012年在社會輿論壓力下，法院對他重判無期徒刑。
除了康克由之外，已故前柬埔寨共產黨副書記農謝（Nuon Chea）、前國家主席團主席喬森潘（Khieu Samphan）2014年被以反人道和屠殺的罪名判處終身監禁，赤柬領導階層僅有這3人遭受審判，現在只有89歲的喬森潘仍存活於世。
