但香港政府多名官員在主權移交後仍然明確表明香港有「三權分立」制度。其中，時任政制事務局局長林瑞麟2003年11月的立法會會議說，他對香港前途比較有希望，其中一個原因是香港「已經有一個三權分立、透明和依照法律成立的制度」。
立法會的會議紀錄顯示，林瑞麟發表這個看法後沒有官員或議員提出質疑。
另外，運輸及房屋局局長陳帆2018年出席立法會有關香港在當地西九龍高鐵站實施「一地兩檢」的會議時指出，指出香港實行「三權分立」，如果有市民不滿一地兩檢方案，可向法院尋求裁決。陳帆當時被主持會議的建制派議員葉劉淑儀打斷，指出香港憲制上不是三權分立，只是司法獨立。
建制派議員梁美芬2006年，也曾經就政制發展向政府聯署提交意見，其中提到「香港憲制上有三權分立，相互制衡」的功能。
香港終審法院首任首席法官李國能2001年也曾指出，香港是「行政、立法和司法三權分立」，現任首席法官馬道立2014年也表示：「《基本法》清楚訂明立法、行政和司法機關『三權分立』的原則，並以頗為明確的字眼界定三者的不同角色。」但他沒有指明相關內容具體是在哪一部分。
除了香港官員，上年紀80年代草擬《基本法》的委員會成員認為香港的政制在「原則上」應採用三權分立模式，但當時中國領導人鄧小平1987年指香港不能照搬三權分立後，親北京人士才不再提及這個模式。
習近平2008年以時任中國國家副主席、中央港澳工作協調小組組長的身份訪問香港時，首次公開提出「三權合作論」，指行政、立法和司法機關應「互相理解、互相支持」。2015年，時任香港中聯辦主任張曉明也指出，「三權分立」通常只在主權國家建立，香港不是主權國家，因此這個槪念最多只有「參考和借鑒價值」。
中國全國人大委員長張德江2017年也指出，香港的政治體制不是三權分立，而是「以特首為核心的行政主導」。
「制衡」與「分立」之爭
建制和泛民兩邊對香港是否奉行三權分立有不同看法。其中，身兼行政會議成員的建制派議員葉劉淑儀指出，香港從來沒有三權分立的觀點，因為即使是主權移交前都是由香港總督委任立法局議員。她強調香港有司法獨立，但三權分立是另一種槪念。
香港大學法律學院教授陳文敏認為，香港主權移交前後，都有憲制文件清楚列明行政、立法和司法機關的職能，認為這些足以顯示香港有三權分立的架構。他又指出林鄭月娥發言時，也認為三權之間互有制衡、互有分工時，這個情況就是三權分立，形容林鄭月娥指香港「沒有三權分立」的說法是「文字遊戲」。
香港終審法院預計在2020年11月審議政府2019年引用《緊急狀況條例》制定「禁蒙面法」是否合憲，其中一個重點是指控政府越權，繞過立法會制定規例。泛民主派議員郭榮鏗認為，案件其中一個重要論點正是三權分立，預計法庭到時會有相關論述，質疑林鄭月娥在這個時候提出香港沒有三權分立帶有政治考慮。
但前泛民主派議員、行政會議成員湯家驊認為，爭論香港有沒有三權分立沒有意思，重點是行政、立法和司法三者之間的制衡功能，而香港自主權移交以來三者都做到這點。
