針對萊克多巴胺豬肉開放進口爭議，中央遭質疑連下2道公文，要求地方政府修改萊克多巴胺零檢出自治條例，層級甚至拉高到行政院秘書長。對此，行政院回應，並非兩道公文，公文是要請各縣市於1個月內提出回覆說明，是溝通而非逼迫。台北市長柯文哲則質疑行政院，「那是溝通？還是恐嚇信？」
柯文哲今（1）日針對萊豬議題再發表意見，說「行政院的公文有沒有效用？是通知地方？還是要商量？」他表示若只是知會地方政府，自己也就是「看看就好」。他認為，地方政府不會故意搗蛋，也明白台灣的處境困難、美國有壓力，但中央必須講清楚，地方政府都會盡量配合，若做不到就會舉手說做不到。
柯文哲指出，中央以「美豬」框架議題，會誤導消費者，讓他們以為看產地標示選購就能避開含萊克多巴胺的肉品；結果卻是只要符合標準，各國含萊克多巴胺的肉品都可以進口。中央又說添加物有上萬種，為何只標萊劑？柯文哲則反嗆「這邏輯就是鬼扯」，老百姓關心萊劑、要求政府標示，當然可以標。
柯文哲還點名農委會主委陳吉仲，說他可能會反駁自己的說法，指現在沒有其他國家的進口萊豬；但規則在那裡，以後商人有利可圖，就會有人去處理，不然難道政府可以出來宣布，其他國家不可以進來。柯文哲補充，公開流程、說明清楚非常重要。而誠實和面對問題是新的政治文化，不應逃避或矇混，那是他最討厭的政治文化。
