台南市長賴清德將接任行政院長，他在任內最大的敗筆就是「台南鐵路地下化」，而此案爭議不斷、甚至重創他的形象，也是他自己造成的。先是一意孤行，不願傾聽民意，又一再違反程序正義，更嚴重低估居民的抗爭力道，導致工程延宕，直到他離開市府都無法完成，也讓自己的執行力大打折扣。
「台南鐵路地下化」從台南市中華路永康橋到生產路以南，全長8.23公里，貫穿台南市中心的精華區。本來這個案子可以順利推動，因為包括要被徵收的這300多戶居民都贊成鐵路地下化，之所以演變成抗爭，是因為更改了路線。
最早交通部在1996年提出的版本，是在現有地面鐵軌下方直接做地下軌，這樣徵收面積就很少。但2008年修正路線，將地下軌移到東側，這一變更導致東側300多戶要被徵收。而賴清德一再強調「此案沒有東移」則並非事實。
不傾聽民意，反而製造市民對立
南鐵地下化非要將鐵軌東移才能完成嗎？其實並非如此。其間自救會請專家做了評估且提出不必東移、不必徵收的方案。去年民進黨大選獲勝、行政院長林全上任前，曾經跟自救會有一次面談，當天交通部也承認，的確不必東移也可以完成鐵路地下化，這點連台南市政府前都發局長吳欣修也不否認。
既然有兩全其美的辦法，能完成鐵路地下化、又不必徵收這麼多戶民宅，為什麼不能好好檢討？但賴清德卻堅持東移版本才是最好的，而所謂「最好」的標準是什麼？執政者面對不同選擇，這300多居民憲法保障的人權又值多少？
而南鐵案為什麼非採取東移不可？私下盛傳這是有史以來在都市精華區最大面積的土地徵收，徵收後的開發利益非常龐大。賴清德則回應：「我保證沒有人有機會利用徵收土地謀利」。但都市計畫隨時可變更，現在說沒有不表示未來不會。而且政治人物的話真真假假，光是他上任行政院長這件事，之前就不知道否認過多少次。承諾比紙還薄，大家聽聽就好，人民未來還得自求多福。
非但如此，賴清德還不斷操作「多數、少數」議題，指責是因為「少數市民」反對，造成「多數市民」期待的鐵路地下化無法完成。執政者心中哪來的少數、多數？市長的職責是在差異中尋求最大共識，但他沒有這麼做，甚至還能讓內政部長葉俊榮，在幾乎沒審的情況下，就乖乖配合通過都市計畫審查。
一再違反程序正義，導致爭議擴大
此外，南鐵案也一再出現違反程序正義的作為。土地徵收程序還沒走完，賴清德跟交通部長賀陳旦、大陸工程董事長殷琪，今年3月15日就先動工其中一標。接下來土地徵收的公聽會還在進行，能不能徵收成功還不知道，但市府已經將居民的土地分割，而且進行地籍重測、查估住家，讓居民更加反感。
