在深綠陣營千呼萬喚之後，賴清德終於取代林全，成為行政院院長。更有許多人開始拿著憲法教訓蔡總統，說行政院才是最高行政機關，總統應該充分授權；林濁水更指摘總統把行政院院長當作總統執行長，是「把半開半閉潘朵拉魔盒盒蓋掀得更開了」。
依中華民國的憲政體制，到底總統還是行政院院長，是行政部門的大老闆？這一點多年來的「實務」非常清楚，當然是總統。可是批評者的論述卻隨著本身的政治需求，或對「這個總統」的喜好程度，而一直變來變去。
蔣中正在制憲之初，曾有意自己擔任行政院院長，而邀請胡適擔任總統，就是因為憲法上的總統權力有限，所以拜託一個形象好的花瓶來當總統。可是等他自己當了總統，大權在握，可從來沒把自己當成花瓶。而當年的「黨外」人士與「自由派」學者，在戒嚴時期大力宣揚「我國是內閣制，行政院院長才有實權」；可解嚴後，即使憲法並未修改，但因為李登輝當總統，郝柏村當行政院院長，同樣的一批人卻天天咒罵郝柏村濫權侵犯總統權力—他們可不願意李登輝當花瓶，而郝柏村卻有實權。到底總統大還是行政院院長大，其實是以我喜歡「這個總統」還是「這個行政院院長」而定。這種「人治」的憲法解釋趨勢，似乎一直延續到現在。所以許多人一方面對蔡總統管婚姻平權、司法改革、年金改革，世大運維安（憲法完全沒有於總統權限內的事項）……全不在意，卻要把憲法明定的總統院際調解權做最狹窄的限縮解釋，說穿了也是「法隨人轉」而已（討厭馬英九，所以對他有利條文就要限縮；相對喜歡蔡英文，她沒條文也可以為所欲為）。
然而，無論從憲法解釋或從政治實務運作來看，目前行政部門的大老闆，都還是蔡總統。憲法上，自從1997年修憲把「行政院院長應經立法院同意任命」的規定拿掉，讓總統既可單獨任命行政院院長，且免職權又沒有副署或其他控制機制之後，任免由人的行政院院長，根本沒有任何法律上的手段來對抗總統的意志──只有「辭職」走人，以示負責而已。
而政治上，哪次選舉時，總統候選人的政見不是包山包海？從國防外交到經濟、教育、治安等等議題都成為總統的承諾。選民也已經有這樣的期待，所以等到總統上任，好壞都會向總統算帳。這也是為何小英明明神隱不說話，民調還節節下跌的原因—大家生活不好，都怪在總統頭上。這時候，總統知道自己要向689萬人民負責，怎麼可能「放手任你做」呢？她當然要任命一個能夠執行她意志的人啊。看看這次內閣「改組」，院長之外換了幾個部長？有幾個人是賴清德先生帶來的左右手？連行政院發言人都沒換，這樣一個「都不是我的人」的內閣，能夠叫做「賴內閣」？賴清德能夠叫做「閣揆」？賴既然願意來到這個虎狼之域，就要有著「施展不開」的心理準備—實際上的「閣」揆根本是小英，但你要頂著院長的帽子去幫老闆管理眾人！
