在中國大陸以外的不少地方，健康碼在個人資訊安全與隱私保護方面受到質疑。在香港，儘管香港特區政府一直促進粵港澳健康碼互通與本地範圍內的行程追蹤平台「安心出行」，但不少聲音擔憂這些數據會被政府利用，用於監視居民，接受程度不高，與中國大陸形成鮮明對比。
根據新華社的報道，按照健康碼國家標凖的規定，健康碼的數據由中國當局相關部門掌握，並「並嚴格按照個人資訊保護有關規定做好個人資訊保護和數據安全工作」。
但荷蘭格羅寧根大學（University of Groningen）大數據安全專家奧斯卡·J·格施泰因（Oskar J.Gstrein）向BBC中文表示，這其中最大的問題是缺乏透明度，我們不知道究竟政府到底可以掌握多少資訊，並用它們來做什麼。
他指出，從健康碼這種應用程序當中，可以得到非常詳細的資訊。「你可以知道用戶身處何處，消費了什麼樣的服務，在閒逛的時候購買了什麼樣的商品，可以由此勾畫出每個個體十分常態化的行為模式。」
「這真的是有關某個人的所有東西，尤其是可以從你手機上得到的資訊， 這是很嚴重的事情。之後你可以把手機上獲得的資訊與街上的監控攝像頭等其他監控傳感器中得到的影像結合在一起……如果發生在中國，我們必須假設，在這種人口密集且許多技術得到應用的地方，所有這些相互融合在一起，會得出的資訊量非常巨大。那麼下一個問題是，你會怎麼利用這些資訊？」
後疫情時代的隱患
在新冠疫情之前，中國已有許多在大型事件中試用推廣新技術與新手段的先例。從過往經驗來看，這些新的方式往往會持續保留下去，成為中國日益嚴密的社會監控與管理體系的一部分。
例如2008年北京奧運會以前，中國為加強對基層社會的管理，於2004年首先在北京市東城區實行「網格化管理」探索。在這之後，網格化管理的模式逐漸推廣到中國社會各個角落，成為社會維穩的重要工具，並不斷加強升級。
格施泰因指出，現在越來越多的人開始擔心，此次在疫情中使用的特殊手段會成為後疫情時代的常態。
「並非所有未來會出現的問題都是一場全球大流行，」他表示。「我和許多專家現在越來越擔心，在疫情中鋪設的這些技術之後會得到怎樣的處理，這些手段是否會被拆除回到疫情之前的狀態。」
「在中國的情況下這尤其不太可能。現在可能許多人會覺得這幫助了我們在疫情中繼續出行而表示理解，但從中到長期來看，這很可能讓我們每時每刻生活在一種在各種監控手段存在的監獄之中。雖然現在大家對這些技術表示歡迎，但沒有任何人可以保證疫情之後它們會消失。」
