9月24日民進黨全代會，超過500位黨代表連署，「建議民進黨勇敢承擔『特赦陳水扁前總統』的政治責任案，已成黨內政治新難題，據了解，面對扁賣力衝高黨代表連署票，黨內不是沒試著折衝，由於依赦免法，罪行宣告才能夠特赦，英系領導人陳明文曾私下探扁，是否接受「部分特赦」？讓已判決定讞的案件先特赦，再以「清白」身分面對其他還待審的案件。
惟據了解，扁堅持無論是否已判決定讞的案件，都要特赦處理，還認為法律的問題，蔡政府要去思考，此議也不了了之。
據了解，對當天全代會，扁期待非常高，雖然全代會提案，檯面上是高雄市議員蕭永達等發動奔走，但扁也在後面督陣衝票，原本沒簽署的高雄市長陳菊、英系領導人陳明文等，最後也都簽署，顯然都受到扁的壓力。
先責難後擺低姿態 扁催連署不愧政治高手
黨內人士也說，扁衝高黨代表連署票的「手路」，不愧是政治高手，例如扁曾致電Ｃ立委，請其代為詢問，當時也還未簽署，但和其友好的H立委，為何要阻擋其選區，所有黨代表對全代會提案連署？
H立委請C立委，回覆扁，強調並未有扁認知的阻擋連署情事，扁立即又請C轉告H，「抱歉誤會，但是不是請H和當地的黨代表一起來連署？」面對先是責難，後又放低姿態的「請求」，扁當然如願取得所有想拿到的連署。
顧忌成員未來選舉 新系也主動勸流員連署
面對扁壓力，新系內部早就做成開放決議，新系總召集人、現任桃園市長鄭文燦、先前曾稱不會參與連署的大姊大陳菊等重量新系人士，也都參與連署。一位擁有黨職身分的新系公職也坦言，個人本就對扁案有意見，且清楚蔡英文總統態度，本來也不想參與連署，但扁透過多人來請託，最後新系內也勸其要簽下連署，免得往後選舉，被扁家做記號，最後也只好簽下連署。
據指出，前述「部分特赦」，是現任金管會主委顧立雄，向身兼凱達格蘭基金會董事、這次也積極替提案進行連署奔走的嘉義縣立委蔡易餘建議，先前一直沒連署提案的陳明文，聽聞地方親近人士轉達，扁對其似乎也在嘉義杯葛連署的抱怨後，與黨中央會商後，特別南下高雄探扁，也問扁對顧立雄這個不涉修改現行赦免法，現行法令就有處理空間的建議看法，看是否能在扁與蔡政府中間，達成平衡。
只是，扁堅持所有案件都要處理，還要求蔡政府要思考法律上如何處理的問題，不能接受這個建議，這個折衝就此破局，但陳明文最後也簽了連署，也請親近黨代表都要參與連署。
