李建忠表示，寺廟「管理人」的規定，並非《監督寺廟條例》規定，而是後來內政部所頒布之《寺廟登記規則》，「無住持者，由管理人聲請之」，但管理人的權利不應該大到選住持，變成最高決策者。
宗教團體法定義「信徒」 李建忠：違反政教分離原則
更誇張的是，《宗教團體法》強制規定全國性宗教團體，必須要成立信徒大會，事實上，《監督寺廟條例》並無「信徒」相關規定，但到了1995年內政部頒布行政規定多了信徒的原則，到了《宗教團體法》草案，變成了三原則，但信徒與否，該由每個宗教團體自己決定，「行政機關去界定什麼是『信徒』，已經侵犯到宗教自由的核心，明顯違反政教分離原則。」
李建忠表示，宗教團體設立財團法人，是從1991年開始推動，當時主要目的是為了解決宗教團體無法處理不動產，無法向地政機關登記產權問題，「當初開放宗教財團法人的設立，某種程度上是政府好意，但是依我看這是不對的，宗教團體根本不能適用財團法人規定。」
李建忠說，財團法人是因為是財產的結合，所以在財務監理上，採取「他律」原則，這和社會團體與宗教團體是「人的結合」，是完全不同組織型態，財團法人董事長如果難產，主管機關可以介入管理，但立案財團法人的寺廟，如果發生董事長鬧雙胞難產，由法院指派，這樣做法是不對的。
《監督寺廟條例》曾2度違憲 內政部離宗教自由有多遠？
李建忠表示，從2004年大法官會議作成釋字573號解釋後，《監督寺廟條例》已有2個條文被宣告違憲，然而過去13年，主管機關內政部應該做的，就是制定一個合乎憲法、可以保障宗教團體自主權，與組織人事財務的自主權的法律，然而《宗教團體法》10幾年來「六進六出」立法院，顯示主管機關內政部，是否有體會到宗教自由與宗教團體自主權精神，還有很長一段路要走。
