《宗教團體法》修法引發「滅香」疑慮，讓相關立法工作緊急喊卡，然而，該法的爭議卻在佛教界餘波蕩漾，協助內政部推動立法的釋昭慧法師，最近不斷遭受攻訐，釋昭慧批評部分佛教界人士，為「獲得免稅優惠，迴避外部監督」，不惜泯滅良知，挑起「藍綠鬥爭」的強大共業，宗教學者江燦騰也表示，國內大型宗教山頭，長年以來經營住宿等周邊事業營利，並且接受信眾的大額捐款，宗教團體長年以來享受的「免稅團體」待遇，已成為台灣富人避稅的一大漏洞，一定要透過《宗教團體法》立法，才能把這個漏洞補起來。
台灣的宗教相關法令，為國民政府遷台後，沿用民國18年訂定的《監督寺廟條例》條例，由於該條例僅規範佛、道等本土宗教，外來的宗教則另依《民法》規範，造成各宗教適用法律不同，形成宗教不平等之情形，因此2004年大法官會議作成釋字第573號解釋，宣告《監督寺廟管理條例》違憲，內政部於是研議《宗教團體法》，然而，由於部分立委反對一定規模以上宗教團體「財務揭露」，該法在馬政府時代「四進四出立法院」。
不過，在民進黨執政後，部分宗教團體再度質疑《宗教團體法》立法動機，內政部原訂要召開23場公聽會對外釋疑，但只辦了6場就無以為繼。
財報可不含香油錢、宮廟資產千萬以上才須有會計
內政部官員無奈地表示，《宗教團體法》草案就財務資訊揭露部分，僅要求「對內揭露」，並沒有要求宮廟必須要揭露信眾小額捐款（例如香油錢），金額較高、具有單據的信眾捐款與收入部分，才需編制年度財務報告，財務揭露的對象，僅限於內政部與宗教團體內部成員。辦理宗教活動對外募集財物，應於活動結束後30日內，對內公告募集款項或物資清冊。
另外，針對全國上萬間宮廟組織，內政部在監理上也採取「抓大放小」原則，全國7個縣市設有據點之宗教團體，才被定義為「全國性宗教團體」，直接歸內政部管轄，其餘部分則維持地方政府管轄。一般直轄縣市的宗教法人，資產超過1000萬元以上，每年財務報表才需要會計師簽證，全國性宗教團體強制會計師簽證的資產門檻則是3000萬元。
支持宗教團體法遭「抹綠」 釋昭慧反擊：法案馬政府時代即有
據了解，儘管上月宗教團體上街頭，表面上係環保署「減香」政策的反彈，但部分宗教人士，仍對外散布《宗教團體法》是為了「滅佛」，釋昭慧在臉書上最近被友人葉玉偉tag一篇名為「葬送佛教？還是有佛妖？」的文章，批評部分佛教僧侶「以極盡帶有政治性語言的煽動用語，串聯各地佛教信眾進行抗議，將《宗教團體法》塑造成「滅佛」。
