台灣宮廟林立，但《監督寺廟管理條例》，要求寺廟每半年申報財報的規定，實際執行卻形同具文，早期在廟埕宣揚黨外理念的民進黨，如今執政後，對於本土宮廟的信眾力量也畏懼三分，並未主動宣揚《宗教團體法》的正面意義。內政部官員表示，國內很多廟宇都是信眾捐贈土地興建，由於宮廟不具法人身份，寺廟的土地建物無法登記在宮廟名下，幾十年下來，很多廟宇都面臨捐贈人過世的產權移轉與贈與稅問題，《宗教團體法》讓宮廟取得法人身份，並且免除產權移轉的贈與稅與土地增值稅，某種程度上，是讓有產權爭議的宮廟解套。
《宗教團體法》立法延宕多年，地方宗教團體因為環保署推動「減香」政策，新仇舊恨一併爆發，然而，小型的宮廟與大型的佛教山頭，一致抗拒「財務揭露」，但本次修法，對於不具法人身份的宮廟組織，其實具有提供了法律地位的保障。
宗教學者江燦騰表示，台灣過去幾十年，很多民間宮廟是由創辦人或住持捐贈土地後興建，有些寺院、精舍不具備財團法人、社團法人資格，等到住持或原地主過世後，他的家人直接繼承了財產，並把他的徒弟趕走。惡鄰強用寺院土地，寺院欲告無門，類似事件不斷在佛教界上演，中華佛寺協會手上，有許多輔導寺院對抗外部惡勢力的個案。
農地產權難入宮廟名下 內政部盼以特別規定解決
除了面臨產權爭議外，部分宮廟早年因為是在農林漁牧用地上興建，在2000年《農業發展條例》立法後，除農企業法人外，私法人不得承受耕地，不具農民資格的宮廟組織，因此無法將產權移轉到宗教法人名下。
內政部官員表示，為解決農地產權無法移轉問題，《宗教團體法》草案特別規定，宮廟機構申請宗教法人，得將2000年《農發條例》實施以前，以自有資金取得或無償取得而以自然人名義登記之耕地，申請更名登記為宗教法人所有。
另外，《宗教團體法》考量部分宗教團體之僧侶，長期以來利用周邊農地耕種，維持自給自足的生活，因此法律中也明訂，宗教團體教制有明定從事農耕，且從事農耕使用有5年以上事實，宗教團體得申請承受耕地，其申請累計總面積不得逾一公頃。不過上述條文，因為涉及農委會「農地農用」政策，農委會目前持保留態度。
避免土地稅務卡住產權轉移 宗教法另訂轉型「免稅條款」
內政部官員表示，台灣很多宮廟組織因為成立幾十年，申請登記為宗教法人，其使用的不動產，目前可能登記在住持或捐助人名下，未來移轉登記為宗教法人所有時，由於過去幾十年台灣的不動產價格大幅上揚，贈與人或繼承人還可能面臨不動產贈與的贈與稅，與土地增值稅等問題。
為此，內政部在《宗教團體法》草案，還特別訂定宮廟組織轉型宗教法人的免稅條款，私人或團體捐贈宗教法人直接使用之土地，得由宗教法人向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅。但如果該筆不動產日後再移轉第三人，則必須以土地捐贈前之原規定地價或前次移轉現值為原地價，課徵土地增值稅。
江燦騰表示，宮廟機構過去除了土地產權爭議外，部分宮廟還涉及違反土地使用分區、違反山坡地保育等問題，另外，部分宮廟長年以來兼營靈骨塔等事業，在《殯葬管理條例》立法後已獲得解決。
順應佛門「自清」 騙財騙色、招攬幫派者不得任住持
江燦騰表示，《宗教團體法》並非所有條文都是政府所加諸的規範，有些條文反而是內政部順應佛教界「自清」的要求下所制定，第15條「宗教法人負責人消極條件」，要求違反《組織犯罪防制條例》、《刑法》妨害性自主、妨害風化罪者，不得擔任宗教團體負責人，也是希望藉此避免部分宮廟住持騙財騙色事件，或是透過八家將等陣頭，招攬幫派與黑道加入的做法劃清界線。
