由於日本的新冠疫情不斷惡化，除了已經進入緊急事態的首都圈，其他地區的新增確診同樣居高不下，日本首相菅義偉13日晚間宣布大阪府、京都府、兵庫縣、福岡縣、愛知縣、岐阜縣、栃木縣，從14日起也納入緊急事態宣言，截止日期為2月7日。此外，由於變種新冠病毒已在各國間傳開，日本也宣布全面禁止外國人入境，與台灣的商務旅行立刻中止。
在菅義偉正式宣佈擴大適用緊急事態宣言後，目前日本共有11個都府縣進入緊急事態。不過面對外界希望全國一體適用緊急事態宣言的呼聲，經濟再生擔當大臣西村康稔13日在眾院表示，目前不考慮將宣言的對象地區擴大至全國。菅義偉在13日晚間7時的記者會則表示，除了首都圈的感染情況從去年底以來不斷擴大，包括中京圈、關西圈的感染情況也快速惡化，必須針對大都市的感染擴散情況祭出必要對策。
共同社指出，進入緊急事態的地區，政府可要求餐飲店把營業時間縮短至晚上8時打烊。酒類提供時間是中午11時至晚上7時。配合縮短營業時間的業者，可獲得的合作金上限從現行的單日4萬日元上調至6萬日元。政府也持續呼籲民眾在晚間8時候盡量避免不必要非緊急的外出，企業也能通過遠距上班等措施盡量減少7成的上班人數，但目前不考慮要求學校與保育所停課、這段期間的大學與高校入學考試也不會停辦。
NHK指出，目前進入緊急事態的11個都府縣預定都將在2月7日恢復常態，但因後來追加的7個府縣從14日才正式起算，所以僅適用緊急事態宣言25天。對於短期管制措施能否奏效，菅義偉強調「為了平息疫情必須看到成果」，經濟再生擔當大臣西村康稔則再次強調必須將緊急事態限制在最小限度，未來是否會擴及東北、山陰地區，必須慎重因應。
此外，由於變種新冠病毒逐漸在各國之間傳開，日本政府13日也決定停止與台灣、南韓、中國、泰國、越南、新加坡汶萊、柬埔寨、寮國、馬來西亞、緬甸等11個國家與地區的「商務泡泡」，停止商務人士入境。也就是說，除非有奔喪、醫療、生產等政府特別准許的情況，日本已全面禁止外國人入境。
《每日新聞》指出，菅義偉日前雖然表示，只要相對國家出現變種新冠病毒的感染病例，就要中止該國人士的入境，但日本始終沒有停止與11個國家之間的「商務泡泡」，就算7日針對首都圈發布緊急事態宣言，也沒有宣告「商務泡泡」的外國商務人士停止入境。不過這種作法受到朝野批判，因此菅義偉政府13日還是關閉了「商務泡泡」。
