經由國府內部美國間諜提供的情報，當時中科院是美方指定要前往調查的地方，根據中科院當年親歷美方檢查的人士透露，那時軍方為了隱瞞核武研發，趕緊將一所的核武研發人員撤離，改派二所相關工作人員到現場裝扮是一所的研發人員，並且提醒他們面對美方查問時，都要說就是他們在這個地方進行研究工作，為了增加可信，他們把試射火箭與飛彈所需要的高速攝影機，都抬了出來擺設，掩蓋研發核武的事實。
結果美方調查小組搭乘直升機到了現場後，幾乎每位美國調查小組成員都會說中文，現場許多中科院技工一遇到這些美國調查人員用中文問許多問題，都支支吾吾，不知道如何回答，中科院要隱瞞研發核武的用心，不到5分鐘就被識破，美方人員還在可疑的研發核武營區到處挖土進行檢驗，收集樣本。這位人士說，當年中科院還向西德採購了精密的雷射儀器，用來研究開發核子武器，這些當時都想辦法藏起來，不讓美國人發現。
根據國務院解密檔案，美方來台調查後不到一個月，2月12日，美國國務院電報請求美國駐華大使安克志（Leonard S. Unger），要與行政院長蔣經國討論核子問題的嚴重性，國務院要求安克志必須讓蔣經國深刻了解，卡特決心運用他的權力，防止核擴散。2月15日蔣經國宴請安克志，從安克志回報國務院的電報中可以看到，當時安克志沒有找到合適的機會，向蔣經國說明美國對台灣研發核武的態度。不過，安克志向蔣經國表達關於卡特重視核擴散危險的重要，他被要求要提醒蔣經國注意這個問題。安克志說，中華民國政府對於核武的承諾，必須完全作到，否則會影響雙方在核子領域的研究，也會危及其他方面的合作。
依據安克志2月16日發給國務院的電報，他在2月14日晚上接受錢復在官邸舉行的晚宴款待，他向錢復轉達了美國政府有關台灣核武研發的訊息，錢復希望美方對於美國在關閉核燃料再處理實驗室這件事情所扮演的角色，能夠對外有所保密。錢復還向安克志提出蔣經國的疑問，美國是否對其他國家也採取對台灣一樣的強硬路線。
有關研發核武的看法，在台灣的政治官僚與科學家、國防部的看法，南轅北轍。安克志轉述錢復的說法，錢復自稱像他這樣務實心態的政治官員，在接觸中國海內外的科學家。以及那些重視國家安全與優勢的人，還有希望追上世界科學進步的人的時候，都感到非常困難。
安克志告訴錢復，有關核武問題的態度，美國對南韓、巴基斯坦、巴西的討論，眾所周知都是一樣的。安克志也提醒錢復，美國對中華民國政府顯然沒有信守原先承諾所採取的行動，感到非常關切。錢復面對安克志的嚴肅表達，當面告訴安克志，他與其他政治官員都能認識到中華民國政府與美國合作的重要，更多往研發核子武器的意圖，都是自殺。
