蔣中正固然反共，卻不允許雜牌部隊與日軍形成公開的盟友關係。駐紮在大西北地區的胡宗南部隊，長期以來被賦予的主要任務就是監控延安，可是在蔣中正得知閻錫山與日軍接觸的消息後，仍命令胡宗南密切關注閻錫山的動向。顯示蔣中正的頭腦相當清醒，沒有為了防止中共在淪陷區壯大就下令手下王牌部隊與日軍合作。
事實上包括忠義救國軍在內的部隊，都在太平洋戰爭爆發後開始接受美國軍事援助，而美國的政策很簡單，就是一切美援物資應該優先投入於對日本的抵抗之中。既然連蘇聯都被視為美國的反法西斯盟友，中華民國自然不敢違反盟軍優先打擊軸心國的戰略政策。光是從聯合美國這個角度出發，蔣中正就不會蠢到在二戰打出一個勝負以前就和日軍攜手反共。
但這是否就表示，所有中央軍部隊都沒有在日本投降以前與日軍聯手反共呢？答案是有，但這些行動都不是經由蔣中正或者軍事委員會批准的合法軍事行動，多是在敵後遭到共軍、日軍還有和平建國軍三方包圍的中央部隊為了生存所採取的權宜之計。而且這類與日軍合作的中央軍部隊，同樣是與蔣中正關係較為遙遠的旁系部隊，比如由西北軍和江蘇保安團合併而成的陸軍第89軍。
曾經也是抗日勁旅
嚴格來講，由江蘇省主席韓德勤兼任首任軍長的陸軍第89軍曾經也是一個抗日勁旅，該軍成立於台兒莊戰役爆發前的1938年2月，下轄第33師與第117師師兩支主力部隊。第33師為1930年中原會戰後為中央收編的西北軍，而第117師師則為江蘇省保安團，是韓德勤的嫡系部隊。陸軍第89軍在江蘇省與安徽省邊區從事游擊作戰，曾從側面支援過徐州會戰還有武漢會戰的國軍主力。
也因為第89軍在抗戰初期表現得當，中央政府又在其編制下增加獨立第6旅的編制，使第89軍一度成為日軍的眼中釘、肉中刺。不過來自蘇北的前行政院長郝柏村，卻不認為第89軍是一支成功的抗日武裝，並非因為韓德勤消極抗日，而是在於第89軍一如其他地方的國民黨軍隊，沒有辦法處理與轄區內其他國民黨軍隊的派系問題。
所以在1940年10月的黃橋戰役中，中共得以離間魯蘇皖游擊總指揮李明揚、兩淮稅警團主任陳泰運與韓德勤的關係。等到韓德勤被徹底孤立後，新4軍再經由李明揚的防區對第89軍發起奇襲，徹底擊垮了這支蘇北的抗日主力。第89軍被打得潰不成軍，獨立第6旅旅長遭新4軍伏擊身亡，軍長李守維也在撤退途中不幸溺斃。
從此以後，韓德勤就與中共結下了樑子，陸軍第89軍也將主要交戰目標由原本的日軍轉為新4軍。在1941年1月爆發的新4軍事件中，第89軍也投入了這場國共軍事摩擦，以為黃橋戰役的失敗雪恥。於是新4軍在重建之後，亦不可避免的將第89軍視為欲除之而後快的頭號敵人看待。而新4軍想要消滅掉第89軍，首先就必須要得到日軍的配合。
