玉山計畫，編列6億進行國內外攬才，編列20億實施彈性薪資、6億為公立大學教授集體加薪百分之十。玉山學者以三年為一期，最高可以支領年薪650萬元，補助對象涵蓋教學、研究領域，未針對特定學門，也不一定獨厚資深學者，但教育部、科技部、中研院各自為政，卻未對各類國家級獎助的排除條款，可能造成獎項重覆領取；而對於公立大學教授一律加薪百分之十的作法，更違背擇優獎勵原則。
早在2011年審計部即發現各大學彈性支付的薪資並非實際用以延攬海內外優秀研究人才，反而是為現職教師變相加薪。2016年監察院陳小紅委員的調查報告更指出攬才比例不足，95.3%皆用以留才，變相為教授加薪以及主管加給，未考量世代的不均衡。為了回應各界對於玉山計畫獨厚教授階級的質疑，玉山計畫進一步修正，增設青年玉山學者，補勝金額為150萬，以5年為一期。
長江學者補助對象為青壯年學者，希望以年輕團隊來帶動學術創新，反映的是國家培育獎勵優秀青年才俊的企圖，玉山學者雖然在學界反彈下增列青年玉山學者項目，但加薪幅度僅為一般玉山學者一半，反映的仍是年功差序的思維。長江學者補助對象是以能夠帶動學術研究的領頭人而非個別學者獎勵，這種學術領導人必須為處於學術高峰的中壯年，才能負責帶動研究團隊，培養博士級尖端技術與人才。依之前彈性薪資實施的經驗來看，玉山計畫主要對象可能仍落在已佔據學術山頭的資深學者，攬才目標為個人而非團隊經營，也容易造成國際學者短期、渡假式停留，甚至淪為退休外籍學者賺取退休金的管道。
補助內容及考評方式
長江學者在薪資鼓勵之外，聘任單位要提供必要的科研經費，以及良好的工作和生活條件，自然科學特聘教授科研經費不得低於200萬人民幣，人文社會科學則不得低於50萬人民幣，從安家的住宅提供、托育服務、醫療保障，甚至是代為安排配偶工作。
玉山學者除了砸錢對個人加薪之外，沒有相應的研究經費要求，也缺乏保險、住宅、子女托育、教育等配套措施。從薪資水準來看，長江計畫特聘學者加薪10萬人民幣，遠遠比不上玉山計畫加薪500萬元，但是投入在支持人才的研究經費以及配套支出，尤其自然科學的科研經費達900萬以上，遠遠超過薪資的誘因，再加上大陸豐沛且優質的學生人力，成為中國吸引外籍學者的誘因。
長江學者在聘期結束後，學校會根據聘約和工作任務書進行評鑑，中國教育部也會組織相關專家檢查履職狀況。長江學者如有違反學術道德規範、觸犯刑律，或虛報經費，不但撤消其長江學者稱號，停發並追回已發放的特聘教授獎金，同時會要求聘任學校解聘，西安交大李連生教授涉入論文造假已被解職。當大陸學者提到臺灣長江學者在2012年遭舉報「一稿兩投」的學術不端行為，令同樣來自臺灣學界的我感到羞愧不已。
