新冠肺炎（武漢肺炎）疫情嚴峻，不少地方政府決策動作快於中央流行疫情指揮中心，尤有甚者，是開始不聽令於指揮中心。例如金門縣政府要求搭機抵達金門的旅客必須提出3天內的新冠病毒核酸檢驗陰性報告，否則必須在機場當場快篩，但這項快篩令被指揮官陳時中撤銷；另新黨主席吳成典也表示，大陸願意提供10萬劑免費疫苗給金門縣民施打。對於地方政府開始各行其政，總統蔡英文今（24）日於臉書表示，防疫是協同作戰，有問題透過管道解決，「現在最不需要的就是彼此對抗。」
蔡英文說，台灣是民主國家，各種聲音都有，這是很正常的事，在防疫過程中，我們也經歷過縣市間的意見不一，像是要不要普篩、有沒有需要方艙醫院、需不需要搶購物資、中國疫苗受不受信任等討論。
總統表示：「但我要跟大家說，任何政策的拍板，一定會聽取各方意見、經過專業的判斷，也一定會被民意所監督檢驗。經過這一年多的防疫，答案很清楚，指揮中心的指引，大方向來說是對的，小細節的修正，也是大家都能夠接受的。」
蔡指出，地方政府在防疫最前線，有時候對指揮中心有不同意見，在上週全國進入第三級警戒後，每天召開全國防疫會議，讓中央和地方可以加強協調合作，一起來整合防疫資源、檢視執行進度、駁斥假訊息。
她說，指揮中心除了針對地方的需求，滾動檢討做法、提供必要協助外，也在每天上午加開記者會，對外說明協調處理的事項。蔡英文表示：「我要再強調一次，防疫是協同作戰，我們有討論機制、有互助系統，有任何問題，就透過管道來處理、來解決，現在最不需要的就是彼此對抗。」
蔡英文並拜託大家：「病毒從不管我們支持哪一個政黨、喜歡哪一位政治人物，只有放下心中的芥蒂，一起來面對疫情的考驗，台灣才能度過眼前這一關！」
此外，總統指出，最近網路上不僅謠傳「疑似大量萬華肺炎遺體集中焚燒」等假訊息，甚至有人鼓吹移除「疾管家」，這些都會影響台灣的防疫，請大家一定要注意。
蔡總統說，去年疫情爆發到現在，從接收疫情資訊、購買口罩、到落實店家實聯制、澄清假訊息，疾管家官方LINE帳號都發揮了重要的功能，而指揮中心的防疫指引，更是帶領台灣度過多次疫情的挑戰。所以，千萬別被誤導了。
