行政院擬將農田水利會改制為公務機關，外界充滿許多憂慮，農委會今（14）表示，農田水利會規劃升格改制與水利署同樣為中央三級機關，並無降低層級疑慮。且農田水利會既已納入公務機關，其首長即屬政府機關公務員，並無官派問題。
農委會表示，農業水權的申請將由未來的農村及農田水利署依據計劃灌溉農地面積申請農業灌溉水權，且將會以以往照顧農民權益之立場，維護農業水權，更表示，未來若遇枯旱狀況，農委會將依據水利法第18 條農業水權優於工業水權規定，極力捍衛農業用水；若需短期調度農業水權，必須依農業用水調度使用要點，對受影響農民予以補償。
此外，針對外界討論之農田水利會改制升格之資產處理方式，農委會強調，水利會財產來源為政府補助、農民提供、繼承日據時代由當時政府興建、出資蒐購水利設施及依農地重劃條例登記等，又自民國83年農田水利會會費由政府全額補助以來已超過20年，政府補助農田水利會營運、工程的經費亦超過1,200億，若無政府持續挹注經費，農田水利設施恐已難發揮灌溉給水功能。
另外，由農田水利會公法人的性質來看，其財產亦屬公有財產的一環，改制後，農田水利會原作為農田水利設施用土地仍持續使用，政府亦將編列經費挹注農田水利基礎建設，水利會的現金、非水利事業用資產將成立特種基金，其收益及盈餘將專款專用於農田水利事業，辦理渠道改善及清淤，並無政府侵佔民產的情形，工作站及水利小組亦將維持原有運作方式。
農委會對此說明，農田水利會規劃升格改制與水利署同樣為中央三級機關，並無降低層級疑慮。且農田水利會既已納入公務機關，其首長即屬政府機關公務員，並無官派問題。農田水利會改制升格為公務機關後，對於昔日曾發生農田水利會選舉僅有A4紙張大小農地會員即可投票、農業從業人員結構改變造成之選舉投票率偏低，易受地方派系操弄選舉，無法實際反應農民心聲等不合理現象，可望獲得澈底解決。
