民進黨政府推動農田水利會改制公法人，全台17個農田水利會下轄資產2000多億元未來如何處理備受關切，其中，又以位在都會區的七星、瑠公、桃園、台中水利會最引人矚目，根據農委會規劃，全台水利會改制後，農委會將採「農糧署模式」在全台設立6個農田水利署，直接管理轄內水利會，所有農田水利設施與各水利會目前帳上合計700多億元現金，未來將由農委會成立作業基金統一調度，至於都會區1500公頃非水利事業用土地，仍將由水利會下轄10個財團法人繼續持有。
農委會副主委陳吉仲表示，台灣農田水利會名下資產，主要係接收日產與政府長期補助而來，但也有少部分資產，係來自於農民捐贈，根據農委會統計，17個水利會名下現金帳戶合計756億元，未來改制後全數併入農委會作業基金，未來仍將專款專用，用於農田水利事業。
土地部分，目前水利會持有農田水利設施土地共2.3萬公頃，另外有1500公頃非水利事業用土地，主要係七星、瑠公、桃園、台中等都會區農田水利會下轄財團法人所持有，這部分在水利會改制後，仍繼續在上述財團法人名下，如果有土地資產出售等利益，就會透過每年的預算編列，將利益回歸到作業基金。
「七星、瑠公以外農田水利會，會長任期一併延後2年4個月」
陳吉仲強調，農委會每年補助各地農田水利會金額高達50多億元，其中20幾億元用在水利工程經費補助，20幾億元用在會務補助，6億元用在農田水利會費的代繳，事實上，攤開各農田水利會財報就可以發現，各地水利會每年平均都有將近一半會務支出，係來自於農委會補助，比較窮的水利會，甚至全部仰賴政府補助。
陳吉仲表示，《農田水利會組織通則》若順利在本屆立院會期過關，因應農委會組織改造，七星、瑠公以外的農田水利會，為了與七星、瑠公會長任期一致，其他水利會會長任期，將一併延後2年4個月，至109年9月任期屆滿。農委會因應《農田水利會組織通則》通過，也會訂定《農田水利會人員任用條例》。
「水利會升格公法人，各地農田水利設施修繕不用擔心經費」
陳表示，未來水利會升格為公法人後，農委會下轄水利作業基金，將全數用在農田水利設施。水利會現有2800名員工，其中98位具備公務人員任用資格，未來升格後人事制度上，將採「雙軌制」，不具公務人員資格的2000多個員工，繼續適用農田水利會人事管理規則，確保職員之工作權、升遷制度及退休金。未來並保留所有工作站與小組長運作機制，290個工作站運營，與3400個小組長的人事費用，將由作業基金支應。
陳強調，現有人員工作權將受到充分保障，升格公務機關後，各地農田水利設施的修繕，就不用擔心經費問題。
陳吉仲表示，因應各地水利會升格公法人，農委會將成立「農村及農田水利處」，位階相當於經濟部水利署，都是三級機關，並且在北中南東成立6個分署，水利會的位階將會提高。
