國內新冠肺炎疫（武漢肺炎）情持續嚴峻，儘管近期單日本土確診數開始呈現緩降趨勢，但仍無鬆懈本錢，而未避免染疫風險，總統蔡英文的每日公開行程自5月中起銳減，近身的特勤人員也排程接種疫苗，全力防堵層峰身邊有防疫破口出現；據了解，連同副總統賴清德在內，蔡、賴維安編組的隨扈都已完成疫苗施打。
儘管蔡英文本人是否已接種疫苗一事，仍吵得沸沸揚揚，不過為避免近身隨扈染疫，對層峰健康造成影響，國安單位月前已啟動特勤人員疫苗施打作業，特別針對蔡英文的「永和警衛室」及賴清德的「萬里警衛室」隨扈實施，惟原定計畫是在5月底前完成，後因國內疫情急轉直下，基於醫護優先原則，約晚2周才接種完畢。
由於過去1個月內，蔡、賴幾乎已無公開行程，不用往來接觸不特定人群，或暴露在陌生環境下，整體維安工作也趨於單純，因此讓兩人的維安編組完成疫苗接種，不僅是最基本，同時也是最必要的防護手段。
三級警戒期間，蔡英文僅5月18日前往中央流行疫情指揮中心聽取疫情報告，以及5月20日前往國軍疫情指揮中心視導，了解國軍執行各項防疫工作的概況和整備，惟後者不在公開行程之列，每天幾乎就是往返總統府與總統官邸間，將各種染疫可能降至最低。而在最低限度的日常裡，隨扈也都會將口罩戴好戴滿，甚至部分先遣或場檢人員，手上還會戴醫用手套，不讓「老闆」為不必要的碰觸，或接觸到受汙染的物件。
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