國民黨主席9月25日將投票改選，表態支持國民前主席朱立倫的國民黨智庫副董連勝文17日晚間表示，為嚴守國民黨務中立，自即日起辭去國家政策研究基金會（國民黨智庫）副董事長及董事職位。連勝文自爆，疫情前主張應該購買BNT疫苗，但國民黨內有人指這是「大陸疫苗」，令人感到氣餒。
連勝文也感謝智庫同仁這段時間在公共政策領域政策的分析，像是去年中智庫已準確預測，今年台灣疫苗將極度短缺，並將相關訊息多次於國民黨內會議提出。連勝文強調，這些判斷是包括他及智庫同仁，在研究國外資料，以及與國內學者專家、業者多次訪談、座談，舉辦大型論壇後所得出的結論。
林為洲想打高端疫苗 連勝文：令黨內不知所措
不過，連勝文提到，國民黨內某些同仁認為不要「逆時中」（違逆衛福部長陳時中的主張），也不太重視相關意見，甚至在疫情爆發前的某次國民黨內會議中，某部門同仁「可能是被民進黨認知作戰迷惑，或被綠媒網軍洗腦」，直接批評連勝文主張購買的BNT是大陸疫苗，且智庫所提之「疫苗護照」問題，都是在講中國疫苗，「這種發言真令人氣餒」。
連勝文表示，智庫去年即已發現國產疫苗許多問題，並主張國民黨內應基於科學，對該議題有較一致的論述，但也無法引起國民黨內重視。
連勝文直指，國民黨中央日前按鈴申告衛福部圖利高端，但同時與國民黨高層關係密切的同仁，卻主動宣告要接種高端疫苗，「這種情況著實令黨內不知所措！也讓大家不知道在這議題上，黨的立場究竟為何？我們是否還要持續關注此議題？」連勝文指的是國民黨立委林為洲，林為洲日前表示，願意將手臂留給國產疫苗，也向民進黨立委叫陣，「我準備好了，民進黨的委員們，展現你們的台灣價值，出來打球吧。」
連勝文：九二共識不是2020敗選、高雄市長被罷免主因
連勝文提到，國民黨智庫過去是兩岸交流重要的「二軌」管道，也曾與對岸智庫共同探討許多重要議題，但過去1年多來因新冠疫情阻撓，「同時因顧慮黨中央真正的想法」，相關交流幾乎全部中止，此點頗令連勝文感到遺憾，「兩岸互信的建立極為困難，未來若要重新開始交流，恐怕要花更多心力！」
在兩岸議題上，連勝文指出，國民黨內智庫各種民調、大數據分析皆顯示，兩岸問題絕非國民黨面臨的唯一挑戰；九二共識也不是2020年敗選、去年高雄市長罷免投票的主因，「國民黨在面對兩岸議題時，不能永遠只是害怕自己被抹紅，甚至在部分議題上直接跟進對手。」
連勝文強調，以採購BNT疫苗為例，這種救人命的事情早已超越個別政黨利益，錯失超前部署的機會，又因顧慮會被抹紅，在關鍵時刻無法當機立斷，那就只能眼睜睜看著別人變成英雄，而國民黨卻被批評成「防疫一事無成」，令人扼腕。
連勝文：國民黨未來恐怕連募集資源都很困難
連勝文提到，智庫做的各種民調中也顯示，國民黨地方縣市首長民意支持度非常高、與國民黨的支持度存有相當落差，似乎已經變成一種趨勢，對明年選舉若產生衝擊，「國民黨未來恐怕連募集資源都很困難！」
連勝文也暗批國民黨現任主席江啟臣未堅定信念，「政治家應該重視的是個人聲量，還是組織整體未來的生存與發展？人都喜歡掌聲而害怕噓聲，但當我們處在逆境時，若不能堅持對的原則而隨波逐流，那終究也只能小打小鬧，最終變成進退失據，左右為難。我相信，不管多困難的環境，堅持黨共同的理念，咬緊牙根，再大的狂風暴雨，終究也會過去！」
