神學士重掌阿富汗後不久，世界銀行（World Bank）與歐盟等國際捐助者陸續凍結提供給阿富汗的資金，以免神學士獲得金援。然而，這也讓嚴重依賴外國資助的阿富汗醫療體系承受巨大壓力，無國界醫生組織及紅十字會與紅新月會國際聯合會皆表示，阿富汗醫療體系面臨崩潰的風險。
無國界醫生組織（MSF）駐阿富汗代表里貝羅（Filipe Ribeiro）表示：「阿富汗的醫療系統面臨的其中一個重大風險是由於缺乏資助而崩潰。多年來，阿富汗整體醫療體系人手不足、設備不足、資金不足。巨大的風險在於這種資金不足會隨著時間而持續下去。」
紅十字會與紅新月會國際聯合會（IFRC）阿富汗負責人姆亨迪（Necephor Mghendi）表示，阿富汗的醫療體系原本就脆弱，而且嚴重依賴外國援助，加上「當地的人道主義需求巨大」，因此目前國際組織凍結金援讓當地的醫療體系承受了額外的壓力。
"The overall health system in Afghanistan is understaffed, under-equipped and underfunded, for years. And the great risk is that this underfunding will continue over time." Filipe Ribeiro - @MSF Afghanistan country representative. https://t.co/V40DXew1ZA
— MSF Afghanistan (@MSF_Afghanistan) August 31, 2021
姆亨迪說阿富汗銀行關閉，這代表幾乎全部的人道救援機構都無法獲得資金，供應商與工作人員沒拿到報酬。此外，醫療用品的補充讓問題變得更加複雜，現在需要比預期的時間更早補貨。
姆亨迪表示：「原本應該能持續3個月的供應量將無法持續3個月，我們可能需要提早補貨。」里貝羅表示，神學士接管阿富汗之前，無國界醫生組織已儲存了醫療用品，但由於航班中斷與陸地邊境陷入混亂，目前尚不清楚何時會有更多醫療用品抵達阿富汗。
Afghan Red Crescent health care services are ramping up in #Afghanistan.
— IFRC Asia Pacific (@IFRCAsiaPacific) August 27, 2021
"You've had people moving, interacting very closely and you would have people not following protocols on #COVID19 prevention,” @Necephor Mghendi, @ifrc Afghanistan Head tells @devex https://t.co/qjK73jDDWs
世界衛生組織（WHO）30日表示，一架載了12.5公噸藥物與醫療用品的飛機降落在阿富汗北部城市馬扎里沙里夫（Mazar-i-Sharif），這是神學士攻陷首都喀布爾（Kabul）以來，第一批此類貨物運抵阿富汗。世界衛生組織表示，這些醫療物資可滿足超過20萬人的基本需求，可提供3500次外科手術，治療6500 名有外傷的患者。
世界衛生組織東地中海區域主任曼達里（Ahmed al-Mandhari）表示：「最近幾星期，由於安全與後勤限制，世界衛生組織等人道主義機構運送救命物資到阿富汗時，面臨巨大挑戰。」
Afghanistan's Health System Might Collapse, Warns WHO and Ministers https://t.co/3Cgha3GhRn
— Pamir News (@PamirNews) August 29, 2021
此外，世界衛生組織指出，阿富汗可能很快就會面臨醫護人員短缺的問題，因為許多醫護人員逃離了阿富汗，而女性醫護人員因為恐懼而不工作。
1996年至2001年，神學士執政期間，神學士與外國援助機構的關係不穩定。1998 年，神學士驅逐無國界醫生組織在內的許多外國援助組織。
.@WHO is on the ground supporting efforts to treat those injured in the #Kabul explosions yesterday.
— WHO Afghanistan (@WHOAfghanistan) August 27, 2021
Our medical & trauma supplies are being used by the Wazir Akbar Khan Hospital for urgent treatment of the victims. We are moving swiftly to send more supplies to the hospital pic.twitter.com/YphQJvIJ57
里貝羅說，目前神學士表示歡迎外國捐助者，並承諾保障外國援救組織的外國工作人員與本地工作人員的權利，目前為止，神學士依舊信守承諾。他說：「事實上，他們要求我們留下來，要求我們繼續按照以前的方式經營業務。目前為止，雙方關係讓人相當放心。」
