二０００年政黨輪替後，陳水扁依照競選政見，成立總統府跨黨派兩岸小組，討論兩岸關係，希望做成決議，供總統作為處理兩岸關係之跨黨派共識。小組由中央研究院李遠哲院長任召集人。
我向來關切兩岸互動，在八十五年寫作「台灣跨世紀建設論」一書中，即曾專章探討兩岸關係，並且向國人提出「只要能夠確保台灣的獨立自主，為了兩岸和平，希望同胞不要反對兩岸之間的某種連結」。
我認為兩岸現狀是歷史發展的結果，硬要統而為一，不切實際。可是兩岸之間，大小懸殊，如果一直敵對，是台灣子子孫孫永遠的悲哀，因此不妨以不脫離大中華家族為要領，在兩國之上新設一個架構，以做為如兄如弟、互利互惠、共存共榮之根本。換句話，對兩岸關係，我已有一定見解。
先是李遠哲院長來電請我擔任小組委員。又過不久，總統府副秘書長陳哲男先生親自送來了載明任期兩年的總統府聘書。
跨黨派小組於八十九年九月一日開議。開到第五次會議，同仁推我擔任「一中問題專案小組」召集人，第七次會議上，幾經折衝，通過了我主稿的「三個認知、四個建議」後，同仁認為可告一段落而中止運作。
跨黨派小組中止運作後，李遠哲院長開始找我一起見了陳水扁總統很多次，討論兩岸關係。有時陳總統單獨找我。不管兩人見面或三人見面，我都誠摯的發言。八十九年十一月底某日，陳總統找我去總統府與他吃午飯，告訴我他想在跨世紀的除夕談話中公表兩岸和平發展的主張，請我依據我先前向他表白的見解協助寫演講稿。
兩岸和平發展是我對解決兩岸問題的重大主張，也是我一生之中著力最深的政治見解，有必要在這裡更詳細記述，以向人民和歷史負責。
我是一個台灣主義者。我深信「台灣是台灣人的台灣」。前半生一直處於國民黨一黨專政體制之下和中共併吞威脅之下的我，用了三十年時間去苦思解決兩岸糾葛、同時達成建立一個獨立、民主、法治的台灣的方略。
由於歷史的發展推進，台灣自一九四九年起以中華民國的國名和中華人民共和國嚴重對立；由於國際霸權的運作，台灣成為美國長時間的保護國；由於與中國大陸有不可割離的歷史、文化、血緣牽連，台灣內部一直有統獨爭論。
然則，在錯綜複雜的環境中，台灣內部以及美中兩國，卻又各有愛惡：
─主張台灣應該獨立建國的人，其實也擔心萬一中共武力相向；
─主張台灣應該與中國統一的人，其實並不真正喜歡專制高壓的中共政權；
─中共雖然聲言統一，其實自己知道一時並無過海佔領的軍事經濟實力；
─美國雖然採行「一個中國政策」，但因為在台灣擁有巨大利益，所以雖然希望兩岸對話以避免衝突，但並不希望兩岸真正談出統一的結果。
