先前台灣因為長照基金一大部分財源自菸稅，被譏「吸菸救長照」，但攤開明年衛福部主管特別基金的預算書，發現不只是長照業務，包含健保紓困、菸害防治、推動兒童接種疫苗等相關業務共6個基金，共預增編12億7000萬元，稱「預估菸品健康福利捐可課徵額度增加」，換算要台灣人多吸近6400萬包菸才能滿足其預算編列，要靠吸菸「救」的已經不只是長照了，這樣的預算編列實屬諷刺，也違政府力推戒菸的初衷。
目前衛福部底下有11個特別收入分基金，包含醫療發展基金，是為了促進醫療事業發展、均衡各地醫療資源；全民健康保險紓困基金，是讓經濟困難無力繳保費者能無息申貸或補助負用；菸害防制及衛生保健基金則是辦理罕病醫療、癌症防治、菸害防治等內容；疫苗基金則是要推動兒童及國民預防接種政策；社會福利基金則包含了安養、托育等社福機構業務；長照服務基金則是主要為完善長照服務輸送、提升社區預防性照顧和量能等目的。
除了上述6者，另外還有藥害救濟基金、預防接種受害救濟基金、食品安全保護基金、家庭暴力及性侵害防治基金、生產事故救濟基金等5個基金，共11個分基金。
