民進黨前主席施明德透過臉書指稱，國史館長陳儀深當年因研究成績不彰，面臨解聘危機，他向中研院長李遠哲關說後，陳儀深才得以續留。陳儀深拿出當年聘審會議紀錄反駁表示，他因參與社運及撰寫228論文差點「發生意外」，表示自己不曾反台獨；另外，陳儀深強調，當時中研院長非李遠哲。
施明德26日於臉書發文透露，民進黨立委管碧玲及其夫婿許陽明再三游說，請他幫忙向李遠哲關說，研究成績不彰的陳儀深才得以續留中研院。他提及，前立委李勝峯曾親口說，陳儀深是他當年在政大的反台獨「三劍客」，感情好到像穿同一條褲子的兄弟，讓李勝峰感慨道，「到底哪一個陳儀深，才是真正的陳儀深？」
施明德認為，部分牢外人在特務統治的威脅及利誘下，皆會有多重身分，不只陳儀深，駐日代表謝長廷跟前立委朱高正皆是如此。
對此，陳儀深反駁，當年他因參與社運及撰寫228論文差點發生意外，詳細經過在他的著作《拼圖二二八》中有詳細交代。陳儀深說明，當年他參與籌備台教會不久，該會主要幹部皆支持施明德。若施明德因此幫忙關切不續聘案，他很感謝，但案發當時的中研院長不是李遠哲。
